为验证片段复制对拟南芥和水稻基因组中SBP-box基因家族扩张的作用,本研究采取了两种方式对片段重复加以验证。首先根据TIGR对拟南芥和水稻基因组的注释结果,将所有的SBP-box基因定位于染色体上,并对比已经定义的染色体之间的片段重复(拟南芥基因组的片段复制:http://www.tier.orb/tdb/e2k1/athl/Arabidopsis-genome duplica...
本研究利用生物信息学资源和工具,对双子叶和单子叶模式生物拟南芥和水稻中的SBP-box基因家族进行了比较分析。利用两个物种的SBP-box基因编码的蛋白质序列构建了系统发生树。在系统发生树的末端节点上鉴定出12对旁系同源基因。利用非同义替换率与同义替换率(KalKs)分析了同源基因分离之后所经历的环境选择压力。此外还搜...
一种水稻SBP-box转录因子基因及其应用 (57)摘要 本发明提供了水稻SBP-box转录因子基因及其应用。本发明具体涉及包含具有SEQIDNO.1核苷酸序列及SEQIDNO.2氨基酸序列;该转录因子的编码序列及包含该编码序列的载体或宿主。本发明还涉及提高植物耐盐性的方法和筛选具有高耐盐性植物的方法。本发明提供了改善和研究植物耐盐...
并分析了其基因结构,蛋白质结构和理化性质,系统进化关系,串联重复,启动子顺式作用元件分布和组织特异表达情况等.结果表明大部分甘薯SBP-box蛋白理化性质,结构有一定分化,甘薯SBP-box蛋白与拟南芥同源进化关系较近,不同亚家族间具有不同数量和类型的motif分布;甘薯SBP-box基因在染色体上分布较为均匀,除3条染色体外,...
SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN box(SBP-box)基因家族编码一类绿色植物特有的转录因子,其功能涉及作物遗传改良的许多方面,如产量,株型,抗逆性等,具有重要的实际应用价值.本研究通过生物信息学方法从高粱(Sorghum bicolor L.)全基因组中鉴定出18个SBP-box基因,分布于9条染色体上,其中8个基因位于基因组重复区域.系统...
甘薯全基因组SBP-box基因家族鉴定及表达分析. 分子植物育种 10, 1–20. Tripathi RK, Bregitzer P, Singh J (2018). Genome-wide analysis of the SPL/miR156 module and its interaction with the AP2/miR172 unit in barley. Sci Rep 8, 7085. Wang Q, Zhang LY, Xu Y, Li H, Liu SX, Xue ...
SBP蛋白是植物特有转录因子,参与众多生物学过程.尽管在许多植物中SBP家族基因已经被鉴定,但在菜豆中仍然未见报道.本研究为探索菜豆SBP-box基因家族,基于生物信息学手段充分挖掘菜豆基因组和转录组数据资源,鉴定出23个菜豆SBP基因,并系统分析了这些SBP基因的结构、定位、保守基序、表达和系统进化关系.结果表明:2... 查看...
机译:通过5'R快速扩增cDNA(5'RACE),从白桦(Betula platyphylla)获得了代表鳞状启动子结合蛋白盒基因(SBP-box基因)BplSPL2的cDNA,其包含完整的编码序列。序列分析表明,BplSPL2的长度为925 bp,带有一个525 bp的开放阅读框,编码175个氨基酸。通过使用定量实时PCR比较BplSPL2和BplSPL1的表达模式,我们确定前者的表达...
box基因,分布在4条染色体上.序列分析表明这个基因家族成员含有76个氨基酸左右的保守结构域,具有C3H,C2HC型的两个锌指结构和一个核定位信号,进化树分析表明黄瓜SBP-box家族基因可被分为5组,其中黄瓜SBP-box基因与双子叶植物的进化关系较近.除此之外,共线性分析表明,黄瓜基因组中有5对同源基因,而黄瓜与拟南芥基因...
SBP家族对月季(Rosa chinensis)开花时间调控和花发育分子机制的研究具有重要意义.对月季SBP-box基因家族进行全基因组鉴定分析,并对该家族潜在负调控因子miR156进行靶基因预测.结果显示,月季SBP-box基因家族包含17个成员,蛋白长度为156~1075 aa.上游顺式元件主要以胁迫,激素响应和光响应为主.其中12个成员是miR156的潜在...