从美国国家生物技术信息中心(NCBI)获得了3001个冠状病毒基因组的全核苷酸序列(已存储的数据文件2),其中944个基因组属于感染人类的病毒,包括低病死率的HCoV-NL63、HCoV-229E、HCoV-OC43和HCoV-HKU1,以及高病死率的MERS-CoV、SARS-CoV 、SARS-CoV-2。从NCBI中获得了所有人类冠状病毒和与之密切相关的动物冠状病毒...
^直接访问NCBI的GenBank数据库https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=SARS-CoV-2++ACCESSION+...
SARS-CoV-2 主要通过S蛋白与宿主细胞表面的血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)结合,并通过与跨膜蛋白酶丝氨酸酶2(transmembrane protease serines-2,TMPRSS2)的相互作用进入宿主细胞,随后释放出其遗传物质RNA并...
美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)建立的DNA序列数据库GenBank网页上已经使用了SARS-CoV-2名称。 欧盟疾控中心在2月12日的新冠风险评估中,也运用了SARS-CoV-2这一说法。 与“非典”病毒不同 尽管遗传上非常相近,ICTV冠状病毒研究小组还特别强调了SARS-CoV-2与SARS-CoV...
SARS-CoV-2全球大流行以来,SARS-CoV-2 (SCoV2)及其相关变体致使500多万人死亡,并继续持续对世界公共卫生与安全构成严重威胁。不断进化的病毒大大提高了疫苗防疫策略的挑战,因此,开发新的包括抗病毒药物在内的治疗策略是有必要的,新...
Transmission of novel coronavirus (SARS-CoV-2) in humans happens either through airway exposure to respiratory droplets from an infected patient or by touc
2月11日,国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)宣布新型冠状病毒的正式名称:严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)。 当日,世界卫生组织(WHO)总干事谭德赛宣布,新型冠状病毒感染的肺炎将正式被命名为“COVID-19”。几乎在WHO发...
手册中主要介绍了对SARS-CoV-2基因组序列的处理和分析,序列可以是从公共数据库下载或者是本地生成的数据。每个单独基因组序列被分成一系列子序列(从序列中提取多个部分序列),每一个序列会根据参考基因组进行SNP的分析。所有的SNP以开放的(动态)字符集存储,这些字符集
The SARS-CoV-2 nucleocapsid (N) protein is an abundant RNA-binding protein critical for viral genome packaging, yet the molecular details that underlie this process are poorly understood. Here we combine single-molecule spectroscopy with all-atom simulations to uncover the molecular details that cont...
结构是功能的基础,SARS-CoV-2相关蛋白质和化合物的结构也可用于药物重定位。蛋白质结构信息包括氨基酸序列、二级结构和3D结构。化合物分子除了2D结构和3D构象,还具有线性表示如SMILES、inChi等。 神经网络 对于一维结构数据,核苷酸序列、氨基酸序列和分子的SMILES等类似于自然语言,可以用人工智能/深度学习的方法来预测药物...