Paired:双端reads数据数量 Read1:R1的数量 Read2:R2的数量 Properly:完美匹配的reads数 PE中两条都比对到参考序列上的reads数单独一条匹配到参考序列上的reads数,和上一个相加,则是总的匹配上的reads数PE中两条分别比对到两条不同的参考序列的reads数PE中两条分别比对到两条不同的参考序列的reads数(比对质量>...
properly paired (95.96% : N/A) #完美匹配的reads数:比对到同一条参考序列,并且两条reads之间的距离符合设置的阈值 46308722 + 0 with itself and mate mapped #paired reads中两条都比对到参考序列上的reads数 596990 + 0 singletons (1.25% : N/A) #单独一条匹配到参考序列上的reads数,和上一个相加,...
输出的信息比较多,部分如下: Summary Numbers,raw total sequences,filtered sequences, reads mapped, reads mapped and paired,reads properly paired等信息 Fragment Qualitites:根据cycle统计每个位点上的碱基质量分布 Coverage distribution:深度为1,2,3,,,的碱基数目 ACGT content per cycle:ACGT在每个cycle中的比...
如果你想筛选出配对比对(paired-end)成功的 reads,可以使用 FLAG 值进行筛选。例如,筛选出 FLAG 为 0x2 的 reads(即 properly paired 的 reads): samtools view -b -f 2 your_file.bam > paired_reads.bam ● -f 2:只保留 FLAG 包含 0x2(properly paired)的 reads。 ● -b:输出 bam 格式。 如果你...
20640643+0primary mapped (88.42% : N/A)## 初级匹配率23343284+0pairedinsequencing##有多少reads属于pairedreads11671642+0read1## read1中的read数目11671642+0read2## read2中的read数目20123714+0properly paired (86.21% : N/A)## 完美匹配率,比对到同一条参考序列,并且两条reads之间的距离符合设置的...
6412042 + 0 properly paired (53.68%:-nan%) #完美匹配的reads数:比对到同一条参考序列,并且两条reads之间的距离符合设置的阈值 6899708 + 0 with itself and mate mapped #paired reads中两条都比对到参考序列上的reads数 636656 + 0 singletons (5.33%:-nan%) ...
524 + 32 properly paired (99.05% : 88.89%) 524 + 32 with itself and mate mapped 5 + 4 singletons (0.95% : 11.11%) 0 + 0 with mate mapped to a different chr 0 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/adam$ samtool...
# 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view-bF12abc.bam>abc.F12.bam # 提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bf4abc.bam>abc.f.bam # 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 ...
6412042 + 0 properly paired (53.68%:-nan%) #完美匹配的reads数:比对到同一条参考序列,并且两条reads之间的距离符合设置的阈值 6899708 + 0 with itself and mate mapped #paired reads中两条都比对到参考序列上的reads数 636656 + 0 singletons (5.33%:-nan%) ...