samtools markdup 是一个用于生物信息学领域的命令行工具,它是 SAMtools 软件包的一部分。SAMtools 是一套用于处理 SAM/BAM 格式文件的工具集,这些文件通常用于存储高通量测序数据。 基础概念 SAM/BAM 文件:SAM(Sequence Alignment/Map)是一种文本格式,用于存储比对到参考基因组上的序列读取。BAM 是 SAM 的二进制版...
#去除pcr重复 $samtools markdup -r sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.markdup.bqsr.bam # 比较一下去重前和去重后的区别 $samtools flagstat sample.bqsr.bam 6352529 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) 0 + 0 secondary 0 + 0 supplementary 0 + 0 duplicates 6348268 + 0 mapped...
一、samtools markdup的使用 1)The first sort can be omitted if the file is already name ordered samtools sort -n -o namesort.bam example.bam 必须是-n,不能省略 2) Add ms and MC tags for markdup to use later samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam -m不能少 3) Markdup needs p...
addreplacerg adds or replaces RG tags markdup mark duplicates 通过新建一个conda虚拟环境,然后在环境中安装重测序分析所用的软件,能够避免软件的冲突造成的问题,而且方便再不同的机器之间灵活的切换环境。 重测序可以应用于许多生物学研究领域,如人类疾病研究、植物遗传改良、动物育种等。通过对不同个体或种群的重...
markdup — 去重 sambamba markdup OPTIONS sambamba markdup -t 4 --tmpdir=./tmp/ ./test.bam ./test.markdup.bam 2>>log/sambamba_markdup_log.txt -t:线程数 -r:表示删除重复,默认仅标记不删除 --tmpdir=TMPDIR:指定临时文件的目录 --overflow-list-size=OVERFLOW...
markdup — 去重 sambamba markdup OPTIONS sambamba markdup -t 4 --tmpdir=./tmp/ ./test.bam ./test.markdup.bam 2>>log/sambamba_markdup_log.txt -t:线程数 -r:表示删除重复,默认仅标记不删除 --tmpdir=TMPDIR:指定临时文件的目录 --overflow-list-size=OVERFLOW...
samtools index markdup.bam gatk对参考基因组构建索引 gatk CreateSequenceDictionary-Rref.fa (3)gatk变异检测 (a)分染色体生成gvcf、vcf文件 #批量生成分染色体生成gvcf的命令 for i in {01..17};do echo "gatk --java-options \"-Xmx8G -XX:ParallelGCThreads=8 -Djava.io.tmpdir=./tmpdir \" HaplotypeCal...
ERR250971.markdup.bam \ -M ERR250971.sorted.markdup_metrics.txt # 构建markdup测序bam文件索引 samtools index ERR250971.markdup.bam # 生成参考基因组dict文件 time gatk CreateSequenceDictionary \ -R b37_human_g1k_v37.fasta \ -O b37_human_g1k_v37.dict # 利用已有的snp及indels数据库,建立...
ERR250971.markdup.bam \ -M ERR250971.sorted.markdup_metrics.txt#构建markdup测序bam文件索引samtools index ERR250971.markdup.bam#生成参考基因组dict文件time gatk CreateSequenceDictionary \ -R b37_human_g1k_v37.fasta \ -O b37_human_g1k_v37.dict#利用已有的snp及indels数据库,建立相关模型,构建重...
去重 EXAMPLE # The first sort can be omitted if the file is already name ordered samtools sort -n -o namesort.bam example.bam # Add ms and MC tags for markdup to use later samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam # -m:Add ms (mate score) tags. These are used by markdup to...