samtools markdup主要有两种操作模式: 标记模式:在BAM文件中为重复的读取添加一个标志位。 移除模式:创建一个新的BAM文件,其中不包含任何标记为重复的读取。 应用场景包括: 基因组组装:确保组装结果的准确性。 变异检测:提高SNP和INDEL检测的准确性。 RNA-seq分析:减少PCR重复对基因表达水平估计的影响。
这时可以按以位置排序后的位置来标记重复了: samtools markdup -O bam,level=1 pos.srt.bam markdup.bam 1.1.6 输出最终文件: BAM: samtools view -@8 markdup.bam -o final.bam 1.2 合并流程 上面的命令可以用管道符传递从而避免临时文件的生成从而节省磁盘空间 minimap2 -t 8 -a -x sr C.Elegans.fa ...
一、samtools markdup的使用 1)The first sort can be omitted if the file is already name ordered samtools sort -n -o namesort.bam example.bam 必须是-n,不能省略 2) Add ms and MC tags for markdup to use later samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam -m不能少 3) Markdup needs p...
samtools markdup [-l length] [-r] [-s] [-T] [-S] [-f file] [-d distance] [-c] [-t] [-m] [--mode] [--include-fails] [--no-PG] [-u] [--no-multi-dup] [--read-coords] [--coords-order] [--barcode-tag] [--barcode-name] [--barcode-rgx] in.algsort.bam out.b...
Usage: samtools markdup Option: -r Remove duplicate reads -l INT Max read length (default 300 bases) -S Mark supplementary alignments of duplicates as duplicates (slower). -s Report stats. -f NAME Write stats to named file. Implies -s. -T PREFIX Write temporary...
markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除 merge用于合并多个已排序的比对文件,生成一个包含所有输入记录的单一排序输出文件,同时保持现有的排序顺序。 好的,书归正传,那这种学习研究利器可以如何安装呢?,是有这么几种办法的
markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除 merge用于合并多个已排序的比对文件,生成一个包含所有输入记录的单一排序输出文件,同时保持现有的排序顺序。 ... 4如何安装 conda 安装 首选推荐Conda安装,非常简单 代码语言:javascript 复制 #...
samtools sort -n xxx.bam | samtools fixmate -m | samtools sort | samtools markdup -r > xxx.markdup.bam 在sam/bam水平: picard ref网站:Picard Tools - By Broad Institute 使用: java -jar picard.jar MarkDuplicates \ I=xxx.sorted.bam \ ...
2.4.1)samtools markdup RNA-seq.bam RNA-seq. markdup.bam #进行duplicates标记 2.6)统计 -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) ...
samtools`markdup`操作的正确顺序 具体实例在5 一步法找基因变异流程 samtools**markdup**操作的正确顺序 The first sort can be omitted if the file is already name ordered 代码语言:javascript 复制 samtools sort-n-o namesort.bam example.bam 必须是-n,不能省略...