一:定义想要从bam中读取的header,然后提取出来: library(GenomicAlignments)library(readr)library(stringr)library(Rsamtools)yieldSize=10000#一次性读取的read数目path<-paste('~/outs/possorted_genome_bam.bam',sep='')BAM<-BamFile(path,yieldSize=yieldSize)scanBamWhat()#查看可以从bam中读取的标签#定义想要...
一:定义想要从bam中读取的header,然后提取出来: library(GenomicAlignments)library(readr)library(stringr)library(Rsamtools)yieldSize=10000#一次性读取的read数目path<-paste('~/outs/possorted_genome_bam.bam',sep='')BAM<-BamFile(path,yieldSize=yieldSize)scanBamWhat()#查看可以从bam中读取的标签#定义想要...
首先,你需要确认你当前使用的R版本。你可以在R控制台中输入以下命令来查看R的版本: R R.version 这将显示你的R版本信息,包括版本号、架构、操作系统等。 检查‘rsamtools’包是否兼容当前R版本:‘rsamtools’包是Bioconductor项目的一部分,它可能不支持最新的R版本。你可以访问Bioconductor的rsamtools包页面来查看该...
dir_samtools <- "/miniconda3/envs/work/bin/samtools" 3. 读取并合并数据 使用read.vcfR函数读取VCF文件,并将其转换为数据框。然后,使用cbind函数将固定信息和基因型信息合并到一个数据框中。 vcf <- read.vcfR(file_name) df <- cbind(as.data.frame(vcf@fix), as.data.frame(vcf@gt)) 4. 判断...
Bioconductor/RsamtoolsPublic NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork28 Star28 22Branches0Tags Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit hpages Rsamtools 2.23.1 Nov 27, 2024 21a5945·Nov 27, 2024 ...
"ERROR: dependency ‘Rsamtools’ is not available for package ‘Signac’ removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2-arm64/Resources/library/Signac’ Warning messages: 1: In i.p(...) : installation of package ‘Rhtslib’ had non-zero exit status 2: In i.p(...) : installation...
macports-distfiles-R-Rsamtools安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含macports-distfiles-R-Rsamtools安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
samtools fastq input.bam > output.fastq samtools fasta input.bam > output.fasta samtools addreplacerg -r 'ID:fish' -r 'LB:1334' -r 'SM:alpha' -o output.bam input.bam samtools collate aln.sorted.bam aln.name_collated.bam samtools depad input.bam ...
Rsamtools安装bam文件导入简单的操作 Rsamtools是一个用来读取bam文件并进行相应操作的R包,它是很多R生信包的基础,如ShortRead(辅助创建AlignedRead 对象,用于质量评价和read操作)和GenomicAlignments (辅助创建GAlignments 对象,常用于RNA-seq)。 Rsamtools安装 ...
bwa软件比对 | bwa mem -t 80 -M -Y -R "@RG\tID:foo_lane\tPL:ILLUMINA\tSM:$sample" $reference $fq1 $fq2 | samtools view -Sb - > ./out/bamout/${sample}.bam 我想知道-R里面的参数ID,SM是顺便命名的,还是从参考基因组或要比对的重测序数据里面找到的啊? 我从网上下载的参考基因组或要...