path/to/rosetta/bin/score_jd2.*** @flag # flag -in:file:s path/to/xxxx.pdb -out:file:scorefile path/to/score.sc 分析分数文件 以下是一个分数文件示例: SEQUENCE: SCORE: total_score score dslf_fa13 fa_atr fa_dun fa_elec fa_intra_rep fa_rep fa_sol hbond_bb_sc hbond_lr_bb...
在下面的例子中,我们强制score_jd2输出一个PDB文件,但没有score文件被输出。 $>$ROSETTA3/bin/score_jd2.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/1qys.pdb -out:pdb -out:path:score /dev/null 你当前的工作目录应该只包含1qys_0001.pdb,但没有score.sc文件。 3.5.1 只输出分数文件 如果你只...
在Rosetta,使用score_jd2应用来进行打分,pdb文件直接从PDB文件下载即可,不需要额外处理。执行命令如下: score_jd2.mpi.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/3tdm.pdb 注:官网的说法是从PDB数据库直接下载的PDB文件可能和score_jd2不兼容,导致运行出错。但我直接运行并没有报错(猜测rosetta更新版本...
在Rosetta,使用score_jd2应用来进行打分,pdb文件直接从PDB文件下载即可,不需要额外处理。执行命令如下: score_jd2.mpi.linuxgccrelease-in:file:s input_files/from_rcsb/3tdm.pdb 注:官网的说法是从PDB数据库直接下载的PDB文件可能和score_jd2不兼容,导致运行出错。但我直接运行并没有报错(猜测rosetta更新版本解...
Example2: 我想运行Rosetta supercharge让蛋白带更多的正电荷(目标是+20): supercharge.mpi.macosclangrelease -s 2B3P_A_min.pdb -use_input_sc -ignore_unrecognized_res -jd2:no_output -dont_mutate_glyprocys true -dont_mutate_correct_charge true ...
ScoreFunction 用于评估结构能量,打分函数,可以自定义修改一些权重, 不同的动作可以使用不同的打分函数 示例: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 <SCOREFXNS><ScoreFunction name=“ref2015” weights=“ref2015.wts”/><ScoreFunction name=“ref2015_soft” weights=“ref2015_soft.wts”><Rewe...
modifying ann_tools/score_sdf.py to make it easier to customize the s… Oct 15, 2013 antibody Fix the convert_pdb_to_antibody_numbering_scheme.py script Jul 2, 2020 beta-peptide Add in scripts for creating beta-peptide residue types and rotlib. ...
jd = PyJobDistributor("output", 10, scorefxn_low) 将每个decoys与原始的结构进行比较也很有用(如果已知的话;否则可以使用参考结构)。JobDistributor将在输出时进行RMSD计算和最终评分。要设置原始的姿势,请执行以下操作: # your starting_cen_pose should be the native crystal structure ...
path/to/rosetta/bin/score_jd2.*** -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent path/to/xxxx.o -out:pdb -out:file:scorefile path/to/extracted_scorefile.sc @general_flags # general_flags -nstruct 10 运行该程序可以为 Silent 文件中的每个结构输出一个新的 Score 文件和 PDB 文...
xxxxxxxxxx path/to/rosetta/bin/rosetta_scripts.*** -in:file:s path/to/xxxx.pdb -parser:protocol scoring.xml -out:file:silent scoreing.silent 调整Pose——Movers 最小化 简单的最小化 Rosetta脚本的一个核心是 Movers,其用来改变 Pose 特征,包括原子坐标、FoldTree、约束、序列、共价连接等。 在每个...