Rosetta提供多种方法用以从 Silent 文件中提取结构: score_jd2:以 Silent 文件为输入,输出 PDB 文件 path/to/rosetta/bin/score_jd2.*** -in:file:silent_struct_type binary -in:file:silent path/to/xxxx.o -out:pdb -out:file:scorefile path/to/extracted_scorefile.sc @general_flags # gener...
在Rosetta中打分生物分子,一般使用 score_jd2 程序。 path/to/rosetta/bin/score_jd2.*** -in:file:s path/to/xxxx.pdb -ignore_unrecognized_res 运行得到的分数将保存在 score.sc 文件中。 有时,会遇到部分残基侧链重原子缺失的情况,Rosetta会自动将其非确定性的补全,待其满足所有Rosetta基本规范后再进行打...
在Rosetta,使用score_jd2应用来进行打分,pdb文件直接从PDB文件下载即可,不需要额外处理。执行命令如下: score_jd2.mpi.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/3tdm.pdb 注:官网的说法是从PDB数据库直接下载的PDB文件可能和score_jd2不兼容,导致运行出错。但我直接运行并没有报错(猜测rosetta更新版本...
<ROSETTASCRIPTS><TASKOPERATIONS>ProteinInterfaceDesign name=pido repack_chain1=1repack_chain2=1design_chain1=0design_chain2=1interface_distance_cutoff=10/>task operation that designates which residues are designable and repackable at theinterface</TASKOPERATIONS><FILTERS><Ddg name="ddG"scorefxn="sco...
Example2: 我想运行Rosetta supercharge让蛋白带更多的正电荷(目标是+20): supercharge.mpi.macosclangrelease -s 2B3P_A_min.pdb -use_input_sc -ignore_unrecognized_res -jd2:no_output -dont_mutate_glyprocys true -dont_mutate_correct_charge true ...
jd = PyJobDistributor("output", 10, scorefxn_low) 将每个decoys与原始的结构进行比较也很有用(如果已知的话;否则可以使用参考结构)。JobDistributor将在输出时进行RMSD计算和最终评分。要设置原始的姿势,请执行以下操作: # your starting_cen_pose should be the native crystal structure ...
$> $ROSETTA3/bin/score_jd2.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/1qys.pdb -out:file:scorefile_format json 这将输出json格式的得分文件score.sc,像这样: {"decoy":"1qys_0001","dslf_fa13":0.0,"fa_atr":-423.6380475930665,"fa_dun":109.6621482859311,"fa_elec":-46.14556889816026,"fa...
<SCOREFXNS> </SCOREFXNS> 等价 需要注意的是,当某个参数同时接受多个由逗号分割的列表时,列表元素间不能有空格: <PackRotamers name="pack1" task_operations="task1,task2,task3" /> # 这个可以 <PackRotamers name="pack2" task_operations="task2, task2, task3" /> # 这个不行 ...
当我们想使用不同的打分函数时(如改变限制性条件的权重或更改打分精度),有两个步骤:1、在XML中的SCOREFXNS模块加入已命名的打分函数;2、加入<OUTPUT/>模块。每一个自定义的打分函数由不同的次级标签定义,具体的格式参见官网说明:打分函数。 <ROSETTASCRIPTS> <SCOREFXNS> <ScoreFunction name="molmech" weights=...
<ROSETTASCRIPTS><SCOREFXNS></SCOREFXNS>This is a comment<RESIDUE_SELECTORS></RESIDUE_SELECTORS><TASKOPERATIONS>So is this</TASKOPERATIONS><FILTERS></FILTERS><MOVERS>不在角括号内的东西*是注释。 这样就很容易通过删除第一个角括号来临时停用。