RosettaDDGPrediction is a Python package to run Rosetta-based protocols for the prediction of the ΔΔG of stability upon mutation of a monomeric protein or the ΔΔG of binding upon mutation of a protein complex and analyze the results. ...
Cartesian ddG prediction. Contribute to arjan-hada/rosetta development by creating an account on GitHub.
GitHub中有2个RosettaDDGprediction,不要用原版的,安装时会下载很多东西且联网老超时报错。 下载ddg_rosetta进行安装,同时也较新 github.com/jlingford/dd 关键:确保当前环境下有python3.12(我的shell默认的是python3.8,但安装失败。后装python3.12.8,再用python3.12安装:python3.12 setup.py install,成功!) 安装: ...
参考1: Flex ddG: Rosetta Ensemble-Based Estimation of Changes in Protein-Protein Binding Affinity Upon Mutation 参考2:https://github.com/Kortemme-Lab/flex_ddG_tutorial 一、前言&计算原理 Rosetta Flex ddG是2018年发布的最新蛋白亲和力成熟模块。其考虑了蛋白质复合物界面的骨架柔性,使用多构象集合评估平均...
(Log on with your GitHub account.) While one technically can checkout and modify this repository, doing so is subject to merge conflicts with edits to the live site. Reserve direct git access to the repository for uses which cannot be done through the live wiki interface. (e.g. uploading...
二、Flex Ddg的使用 开发者在Github上已经发布了自动运行的python脚本、分析脚本,十分方便。以下本文将简单的介绍使用和解读运行的结果。 注意: 需要Rosetta版本大于Rosetta 2017.52 2.1 配置run.py 先针对系统环境,对run.py进行设置 # 修改第13行为Rosetta实际...
该过程会遍历计算每种突变类型的ddG值,结果会保存在resfiles文件夹的每个resfile中,不同的cutoff存到不同的文件里。可以根据需要修改resfile。 如: res_65B,13B.6, 最后的6就代表ddG小6.0时,特定若干位点上所有的符合条件的突变类型: nataa start 13 B PIKAA Y 65 B PIKAA AGIST 13号位点有1个氨基酸突变...
(1)良好的结合能(ddG <0 ,ROSETTA能量单位reu),形状互补性(Sc > 0.65)等 (2)人工检查,注意以下两个缺陷 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 _i_)buried charged residues _ii_)under-packed interfaces dominated by alanine residues. ...
谷雨: 参考:https://github.com/LPDI-EPFL/topobuilder/tree/releasepy2零、前言 在RosettaCon2018大会上TopoBuilder由Bonneau实验室提出,为了克服非规则Motif结构难以搜索到可移植的… 阅读全文 赞同 8 5 条评论 分享 收藏 Rosetta从头预测蛋白结构:Abinitio Relax ...