在Ubuntu系统上安装Roary,需要先确保已安装conda环境管理器。可以通过在终端输入以下命令来检查conda是否已安装: conda --version 如果未安装conda,可以使用以下命令安装miniconda: https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 在安装过程中,需要阅读并同意Miniconda许可协议,然后按照提示进行安...
根据Roary的github官网指示和参考bioconda的代码,我尝试在远程服务器安装Roary: 首先我们需要创建一个conda环境 conda create --name roary 激活这个环境 conda activate roary 然后,根据bioconda的指示激活bioconda channels conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add...
MacOS|记core-pan基因计算工具Roary安装的一个大坑(Perl)&&解决办法 前言背景 前段时间重装系统 Anaconda全没了,重装了之后就没咋管过,直到最近要用到Roary,conda config中只有defaults这个源。 Roary是一个由perl语言编写的,主要用于抽取统计核心基因泛基因的生物信息学软件,。 下面出现的大坑都是跟 Perl 里面的模块...
跨平台部署:提供Bioconda一键安装(conda install -c bioconda roary)、Docker镜像及虚拟机版本; 开源协议:遵循GPLv3,允许用户二次开发适配特定研究需求。 四、典型应用场景 该工具在微生物比较基因组学中广泛应用,例如: 病原菌毒力因子进化追踪(通过比较不同致病菌株的可变基因) 物种界限界定(核心...
conda envs perl 若是在/usr/bin/下那就重启目录 第三:Roary已安装最新版本后,再运行会有这样的 真的装好之后的 法一:不改源代码的情况下 enc2xs -C 执行之后它会在anaconda的envs环境下创建ConfigLocal.pm这样一个文件 enc2xs -C 结果 法二:打开说的那个文件看看61行到底写了啥 ...
文章：panX: microbial pan-genome analysis and exploration. Nucleic acids research, 2018 引用：131 GITHUB: https://github.com/neherlab/pan-genome-analysis conda git安装：文章：Accurate reconstruction of bacterial pan- and core genomes with PEPPAN. Genome Res. 2020 引用：5...
conda git安装: 文章:Accurate reconstruction of bacterial pan- and core genomes with PEPPAN. Genome Res. 2020 引用:5 GITHUB: https://***.com/zheminzhou/PEPPAN 地址: http://pgaweb.***.cn/ PGAP本地: https://***.net/projects/pgap/ PGAP: pan-genomes analysis pipeline.Bioinformatics,...
2.roary软件的安装,使用conda/mamba: mamba install -c bioconda roary 下载gbksplit脚本: stevenjdunn/gbkSPLIT: Extracts genes using a list of locus tags from .gbk to logically named nucleotide .fasta's. (github.com) 解压备用。 开始 利用roary进行泛基因组分析: ...
先创建一个conda小环境,这里创建名为prokka的小环境,然后再在先环境中安装Prokka conda create -n prokka创建环境 conda activate prokka激活环境 conda deactivate退出环境 conda install -c bioconda prokka在prokka这个环境里安装prokka 检查是否安装成功 输入prokka,它应该会输出帮助屏幕。
conda git安装: # Installing dependencies wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH conda env create -f panX-environment.yml source activate panX ...