转录组测序技术和结果解读(十三)——WGCNA分析 红皇后学术发表于红皇后的科... 转录组学RNA-Seq生信分析 一、转录组分析有两条路1、有参考基因组的比对STAR;2、无参考基因组比对salmon;然后使用DESeq2和limma、edgeR包做差异分析source deactivate WES_analyzCNV conda deactivate WES_analyzC… 法医鉴定发表于Dr家...
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.1万 转录组测序 1/1 创建者:非主流音痴 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 11.1万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 ...
近年来,随着长读长RNA测序技术(long-read RNA-seq technologies, lrRNA-seq)的迅速发展,对其在转录组分析中的应用前景引发了广泛关注。长读长RNA测序不仅能够提供更完整的转录本信息,还能够解决短读长测序(short-read sequencing)无法有效处理的复杂转录本异构体(transcript isoform)问题。然而,不同的测序平台和分析工...
转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核糖体RNA,转运RNA及非编码RNA,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据...
转录组分析是对RNA测序数据进行解读和分析,旨在探究基因表达谱的变化以及相关调控机制。通过转录组分析,研究人员可以从全局角度获取到基因表达的动态信息。常见的转录组分析包括差异表达分析、富集分析、路径分析等。 首先,差异表达分析是一种常用的转录组分析方法。通过比较不同样本间的RNA测序数据,可以找到表达差异显著的...
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.1万 生信分析 1/1 创建者:大仁学长 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 11.1万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 4、...
1. 短读长(short-read)cDNA测序 短读长(short-read)二代测序是转录组范围基因检测和表达定量最常见方式,其主要原因是它可以获得全面的,高质量的全转录组表达数据。基于Illumina测序平台的转录组表达测序实验(RNA-seq)和分析包含以下核心步骤(以真核mRNA为例):RNA的提取,mRNA的富集、cDNA的合成,接头连接,PCR扩增,...
全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿 长读长RNA测序技术(Long-read RNA sequencing)是近年来转录组学领域的一大突破,它能够提供比传统短读长测序更完整、更准确的转录本信息。这种技术的出现,不仅极大地推动了转录组学的深入研究,也为疾病机理解析、基因表达调控网络的构建等提供了新的工具。
RNA测序技术的分析流程一般包括以下步骤: (1)RNA提取和质检:选择适当的RNA样本,进行RNA提取和质检,确保RNA质量达到要求。 (2)文库构建:根据测序需求选择不同的文库构建方式,如,随机分段转录组文库、chain termination转录组文库等。 (3)高通量测序:运用高通量测序设备对RNA样本进行全长测序或局部测序。 (4)数据质量...