转录组测序数据分析流程 转录组生物信息分析流程见下图: 这是一个基础的转录组分析流程,包括样品间相关性分析、PCA(主成分) 分析、火山图制作、差异表达基因的筛选、GO/KEGG 富集分析、GSEA 富集分析 、wikipathway富集分析、reactome富集分析、蛋白互作分析、免疫浸润分析等,更多功能还在持续扩展完善中。 2.相关性分析...
RNA测序(RNA- seq)是目前分析基因表达和发现新RNA物种的常用方法。可以用专门的方法来研究cDNA文库的制备解释RNA生物发生和代谢方面的问题。在本研究中,我们综述了目前用于基因表达一般分析的RNA-Seq方法和几个特定的应用,包括亚型和基因融合检测、数字基因表达谱、靶向测序和单细胞分析。此外,我们还讨论了在细胞中检测...
转录组分析是对RNA测序数据进行解读和分析,旨在探究基因表达谱的变化以及相关调控机制。通过转录组分析,研究人员可以从全局角度获取到基因表达的动态信息。常见的转录组分析包括差异表达分析、富集分析、路径分析等。 首先,差异表达分析是一种常用的转录组分析方法。通过比较不同样本间的RNA测序数据,可以找到表达差异显著的...
长读长RNA测序技术(long-read RNA-seq technologies, lrRNA-seq)的兴起引发了对其全面评估的需求。为了评估长读长方法在转录组分析中的有效性,长读长RNA测序基因组注释评估项目(Long-read RNA-Seq Genome Annotation Assessment Project,LRGASP)应运而生。该项目通过使用不同的测序协议和平台,生成了超过4.27亿条来...
持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.1万 转录组测序 1/1 创建者:非主流音痴 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 11.1万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 ...
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RNA测序技术的分析流程一般包括以下步骤: (1)RNA提取和质检:选择适当的RNA样本,进行RNA提取和质检,确保RNA质量达到要求。 (2)文库构建:根据测序需求选择不同的文库构建方式,如,随机分段转录组文库、chain termination转录组文库等。 (3)高通量测序:运用高通量测序设备对RNA样本进行全长测序或局部测序。 (4)数据质量...
全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿 长读长RNA测序技术(Long-read RNA sequencing)是近年来转录组学领域的一大突破,它能够提供比传统短读长测序更完整、更准确的转录本信息。这种技术的出现,不仅极大地推动了转录组学的深入研究,也为疾病机理解析、基因表达调控网络的构建等提供了新的工具。
1. 短读长(short-read)cDNA测序 短读长(short-read)二代测序是转录组范围基因检测和表达定量最常见方式,其主要原因是它可以获得全面的,高质量的全转录组表达数据。基于Illumina测序平台的转录组表达测序实验(RNA-seq)和分析包含以下核心步骤(以真核mRNA为例):RNA的提取,mRNA的富集、cDNA的合成,接头连接,PCR扩增,...