热图(heatmap)是对实验数据分布情况进行分析的直观可视化方法,可以用来进行基因表达差异的全局展示,还可以对数据和样品进行聚类。 为什么要叫热图呢?因为它用不同的颜色来表示数值的大小,通常来说,用暖色(红色)表示数值大,冷色(蓝色)表示数值小。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 童梦列车的轨道 2025-02-13 SU基本...
如Expression of hub genes of endothelial cells in glioblastoma-A prognostic model for GBM patients integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing中下图所示 最初我完成该图的方法是用含有基因表达的热图,然后截图或者PS成只有临床指标。这里介绍使用ComplexHeatmap直接完成该图。 一 载入R包,...
热图(heatmap)在RNA-seq数据中表示不同组织/细胞等样本或重复之间不同基因或重复序列等的表达水平差异。同时也可以通过聚类的方式呈现不同样本中不同基因的表达变化,从而呈现差异结果。而这种差异可以通过热图更好的可视化出来。 数据准备 在我们绘制热图之前,首先需要我们已经标准化后的RNA-seq相对定量结果。我们对于标...
转录组数据综合分析 1/3 创建者:Edword-xuan 收藏 RNA-seq 生物信息学 热图 火山图 KEGG富集分析 1.8万播放 RNA-seq转录组数据分析入门实战 21.0万播放 R语言DESeq2包做转录组RNAseq差异表达分析的一个简单小例子 5.5万播放01:28 【“易”分钟系列】快速看懂结题报告分析图:KEGG富集气泡图-欧易生物 ...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开聚类热图绘制页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索heatmap,找到绘图页面。 bioinformatics.com.cn/p 图2.可视化绘图页面 2,示例数据 点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。 图3. 输入数据示例 示...
RNA-seq数据分析:从差异基因到关键基因的进一步筛选 贝纳基因 2835 0 01:28 【“易”分钟系列】快速看懂结题报告分析图:KEGG富集气泡图-欧易生物 上海欧易生物 1.7万 0 03:29 10. GO和KEGG富集分析 生信幻想家 3.8万 2 03:22 11. Kaplan–Meier 生存分析 生信幻想家 1.4万 2 14:58 代谢物...
在RNA-SEQ差异表达的基因数据中筛选目的基因。 2.用原始counts矩阵(或者标准化后的tpm/fpkm文件)数据做热图。 数据:RNA-SEQ原始counts表达矩阵。 工具:Rstudio。 步骤: 筛选差异基因。 做热图。 ##绘制热图###绘制热图,需要原始counts矩阵和表型矩阵。library(pheatmap)library(ggplot2)library(ggrepel)library(expor...
RNA_seq 热图绘制 若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1、热图全体 1##加载包2library(pheatmap)34##缩小表达量差距5exprSet <- log2(exprSet+1)67##取最大标准差前1000个基因名字8cg <-names(tail(sort(apply(exprSet,1,sd)),1000))910##标准化,只关注样品间基因差异,...
今天我们来学习Bulk RNA-seq数据常用的一种数据可视化形式:热图Heatmap!主要分享以下3个方面: 一、热图的常见呈现形式? 二、使用热图的常见目的? 三、如何基于R生成热图? 一、热图的常见呈现形式? 虽然“热图”只有两个字,但是基于Bulk RNA-seq的热图的具体呈现形式是五花八门的,具体由哪些形式呢?为了回答这个问题...
热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客所在的地理区,用在RNA-seq中,热图可以表示图中某一个位置的基因的表达水平高低。聚类热图可用于判断不同实验条件下差异基因的表达模式。每个比较组合都会得到一个差异基因集,将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值,用于层次聚类、 K-means聚类...