转录组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 前三期视频,我们讨论了测序原始数据,原始数据...
做RNA-seq,我们会得到一个纵轴是gene,横轴是样品的表达矩阵,如果用RPKM/FPKM定量,材料i所有基因的表达量之和与材料j的不一定相同(表达矩阵的两列),不适合材料之间的比较,可用于同一材料比较不同基因的表达水平;用TPM定量,任意材料所有基因的表达量之和都是1,可用于比较不同材料间的基因表达。