转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
输入数据为转录组测序得到的数据文件FPKM格式(或TPM或RPKM)数据,行为基因、列为样本的表达量数据矩阵。以下是示例数据,D,CD两组,每组三个重复。如下图: 输入数据文件包含: a) 基因名:id; b)样本名:D4-1,D4-2,D4-3,CD4-1,CD4-2,CD4-3; c) 基因表达数据。 4.样本间相关性分析代码 R实现代码详见 ...
在NovaSeq 6000测序系统测序时,首先会对文库进行芯片制备,目的是将文库DNA(RNA)模板固定到芯片上,在固定DNA模板的过程中,每个DNA(RNA)分子会形成一个簇,一个簇就是一个测序位点,在进行固定过程中极少量的簇与簇之间物理位置会发生重叠,在测序时,测序软件通过前4个碱基对这些重叠的点进行分析和识别,将这些重叠点位...
而RNA-seq技术则是近年来兴起的一种高通量测序技术,逐渐替代了传统的microarray技术,成为了研究转录组学的主流方法之一。 二、RNA-seq的原理 1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode...
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。
RNA测序通常分为以下几个步骤: 1.文库制备:将RNA样品转录为cDNA,进行文库建立。可以使用聚合酶链反应(PCR)扩增cDNA,以增加测序信号。 2.测序平台选择:根据实验需求和预算,选择合适的测序平台,如Illumina HiSeq、Ion Torrent或PacBio等。 3.测序深度:根据样品复杂度和研究目的,确定所需的测序深度。较低的深度适用于...
《生物信息学:转录组测序(RNA-seq)分析》 知识 科学科普 课程 DLAB实验室 RNA 测序 生信分析 DLab实验室 发消息 持续分享(7大模块):【效率神器】、【生信测序】、【基础实验】、【方案设计】、【统计分析】、【翻译投稿】、【医药资讯】 充电 关注6.1万 ...
转录组测序是一个广泛的术语,包含了多种不同类型的RNA分子的测序,而RNA-seq更专注于分析mRNA。这两种技术都可以用来研究基因表达,但是转录组测序可以提供更全面的RNA样本分析,包括非编码RNA,而RNA-seq主要是研究编码蛋白的mRNA。
荧光原位杂交 (FISH) 和实时定量聚合酶链反应 (RT-PCR) 尽管敏感度较高,但是只能检测单个融合基因。此外这些方法不能够识别新的融合基因伴侣或者解析复杂的结构重组。靶向RNA测序 (RNA-seq) 能够克服这些限制,敏感地检测到罕见或者较低表达的转录本。 FISH 及RT-PCR是诊断基因融合的常规方法,而靶向RNAseq使用生物...