一、数据量计算 分子生物学中基本概念与单位 nt=nucleotide, 即核苷酸数,通常用于描述单链,如RNA, primer等 bp=base pair, 即碱基对,用于描述双链的,如DNA, 双链RNA等 人类基因组有3000Mnt,其中大约1/30被用于蛋白质编码基因。这意味着要测序的RNA大约在100M nt(如果读长为单端100nt,相当于reads为1M) read...
大家好这里是我们的多组学分析系列课程第三章生物信息学部分,前面的章节我们聊了 1. 数量多组学分析课程的内容和应用场景(1-2期) 2. 数量多组学分析的生物学基础(3-4期) 3. 一二三代测序原理与分子标记检出(5-15期) 4. 表观组学的原理和技术(16-19期) 5. Linux必备
需要两个准备文件,芯片或者测序表达矩阵以及参考数据集。表达矩阵格式第一列是基因名,第一行是样品名,不能有重复基因名,第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值,不要对表达量取Log2。 二、ImmuCellAI-mouse 链接 这是一个 国人开发的工具 ,根据RNA-Seq或微阵列数据的基 ...