转录组是指一个细胞、组织或生物体在特定条件或状态下转录的所有RNA集合。RNA-Seq利用新一代测序技术，通过测序细胞或组织中的所有RNA，分析其种类和丰度，从而获得基因表达的全景图。转录组测序的主要步骤包括：RNA提取、构建文库、测序和数据分析。二、转录组测序的主要步骤 RNA提取：从样本（如细胞、组织、血液等）...
然而,上述的RNA- seq方法一般不适合对小于1ng的RNA进行测序。因此,单细胞RNA-seq需要特殊的RNA/DNA扩增或提高样品处理效率。一些方法,如CEL-Seq和MARS-Seq,在RT过程中引入一个带oligo(dT)的T7启动子序列,通过体外转录实现输入RNA的线性扩增。通过RT (SMART-Seq)过程中的模板切换和poly(A) 尾,加强了cDNA的第二...
转录组测序数据分析流程 转录组生物信息分析流程见下图: 这是一个基础的转录组分析流程,包括样品间相关性分析、PCA(主成分) 分析、火山图制作、差异表达基因的筛选、GO/KEGG 富集分析、GSEA 富集分析 、wikipathway富集分析、reactome富集分析、蛋白互作分析、免疫浸润分析等,更多功能还在持续扩展完善中。 2.相关性分析...
转录组测序(transcriptome sequencing)是一种利用高通量测序技术来研究转录组的方法,也就是说,它可以用来测定一个特定生物或细胞类型的所有RNA分子。而RNA测序(RNA-seq)是转录组测序的一种,是一种利用深度测序技术特异性地研究转录组中的mRNA(信使RNA)水平的方法。
转录组测序和RNA-seq通常指的是同一种技术。 在某些文献中,"转录组测序"可能被用来泛指一切类型的转录组学研究方法,包括RNA-seq和其他可能的转录组测序方法(如单细胞RNA-seq、靶向RNA测序等)。但在大多数情况下,转录组测序特指利用高通量测序技术进行的转录组学研究,即RNA-seq。
RNA-seq,全称转录组测序技术,简单来说就是用高通量测序技术来分析RNA的表达水平。这个技术能告诉你哪些基因在表达,哪些没有,还能告诉你它们表达的水平有多高。RNA测序最常用来分析差异表达基因(DEG),也就是在不同条件下基因表达量的变化。那么,什么是转录组呢?简单来说,转录组就是某个物种或者特定细胞类型在某一...
总RNA适用于研究全转录组表达水平的变化,而mRNA主要用于研究特定基因的表达。 二、测序方法 RNA测序通常分为以下几个步骤: 1.文库制备:将RNA样品转录为cDNA,进行文库建立。可以使用聚合酶链反应(PCR)扩增cDNA,以增加测序信号。 2.测序平台选择:根据实验需求和预算,选择合适的测序平台,如Illumina HiSeq、Ion Torrent...
而RNA-seq技术则是近年来兴起的一种高通量测序技术,逐渐替代了传统的microarray技术,成为了研究转录组学的主流方法之一。 二、RNA-seq的原理 1. 测序库构建 在进行RNA-seq实验之前,首先需要构建测序库。通常采用聚合酶链式反应(PCR)或者DNA和RNA的逆转录(Reverse Transcription)来将RNA转录成双链DNA,并添加barcode...