我们的研究综合Bulk (一群细胞)RNA-seq和单细胞 RNA-seq数据,系统探讨了UTI在脓毒症中的潜在作用机制。在负二项回归模型中调整了潜在的混杂因素后,UTI组中下调的基因比上调的基因更多。这些下调的基因在中性粒细胞参与的免疫中富集...
在这里，香港中文大学的研究人员介绍了 Tissue-AdaPtive autoEncoder（TAPE），这是一种连接批量 RNA-seq 和单细胞 RNA-seq 的深度学习方法，可在短时间内实现精确的反卷积。通过构建可解释的解码器并在独特的方案下进行训练，TAPE 可以自适应地预测细胞类型分数和细胞类型特异性基因表达组织。与几个数据集上的流行方...
1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序技术测序,得到大量的RNA序列数据。 4. 数据分析:对RNA序列数据进行质量控制、比对到基因组和转录组、基因表达量计算和差异分析等。 单细胞测序技术...
单细胞RNA-Seq使研究人员不仅可以鉴定细胞亚群,还可以在异质样品中的单细胞水平上进行全面查询。 与标准RNA-Seq类似,超低输入RNA-Seq提供整个细胞群的批量表达分析;然而,顾名思义,它使用的起始材料量非常有限,低至10pg或几个细胞。单细胞RNA-Seq需要至少50000个细胞(推荐100万个)作为输入。
采用AUCell分析评估OA细胞AA代谢评分,其中成纤维细胞评分最高,其次是巨噬细胞和B细胞(图5D-E)。对AA代谢评分高组和低组之间的DEGs进行GSEA富集分析,发现DEGs在AA代谢和免疫相关途径中高度富集(图5G, H)。 图5.单细胞分析 #04 文章小结 这篇文章的亮点就是在非肿瘤疾病中,基于花生四烯酸代谢途径进行了生信分析...
虽然批量RNA-seq可以提供大量的肿瘤免疫基因表达数据,但它无法检测细胞相互作用、免疫细胞类型和细胞特异性标记之间的关系[17]。有趣的是,单细胞RNA测序(scRNA-seq)已成为了解肿瘤免疫微环境亚群的强大工具,能够在单细胞水平上检测肿瘤组织的转录组并分析相关功能状态 ...
在这里,香港中文大学的研究人员介绍了 Tissue-AdaPtive autoEncoder(TAPE),这是一种连接批量 RNA-seq 和单细胞 RNA-seq 的深度学习方法,可在短时间内实现精确的反卷积。通过构建可解释的解码器并在独特的方案下进行训练,TAPE 可以自适应地预测细胞类型分数和细胞类型特异性基因表达组织。
通过专家生物信息学家的严格验证,AutoBA在各种组学分析案例中,包括全基因组测序(WGS)、RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序、ChIP-seq和空间转录组学等方面的鲁棒性和适应性得到了确认。AutoBA根据输入数据的变化自主设计分析过程的独特能力进一步凸显了其多功能性。与在线生物信息学服务相比,AutoBA在本地部署分析,保护...
单细胞测序技术(scRNA-seq)是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。 单细胞RNA-seq促进单个细胞中全基因组mRNA丰度的测量,提供了研究生物学条件下基因特异性表达异质...
方法:常规RNA-seq、简化基因组重亚硫酸盐测序(RRBS)、单细胞RNA-seq 样品:纳入31名不明原因的RSA患者和46名对照组共77名受试者,随机选择三名RSA患者和三名匹配对照组的蜕膜组织DNA和RNA进行RRBS测序和RNA-seq分析。 研究摘要: 背景: 母体空气污染物暴露与许多不良妊娠结局有关,包括复发性自然流产(RSA),然而其...