RNA 的 spike-in 一种绝对定量的方法,在原有的 RNAseq 文库中加入已知量的RNA 转录本,目前普遍使用的是 ERCC( The External RNA Control Consortium)。通过在样品制备过程中,混入指定数量的 spike-in,我们就可以知道不同样本中的基因绝对比表达值。 RNA-seq 常用的 spike-in 有 External RNA Controls Consortium...
spike-in方法:在RNA-Seq建库的过程中掺入一些预先知道序列信息以及序列绝对数量的内参。这样在进行RNA-Seq测序的时候就可以通过不同样本之间内参(spike-in)的量来做一条标准曲线,就可以非常准确地对不同样本之间的表达量进行矫正 比较常用的spike-in类型:ERCC Control RNA ERCC = External RNA Controls Consortium ER...
处理这些问题的一种方法的spike-in control RNAs,这种方法会引入一些外源已知的RNA序列,这些外源已知的RNA序列已知,浓度已知,在建库的过程中,将它们添加到样本中。RNA-seq中的Spike-ins方法包括外部RNA控制协会混合物(External RNA Controls Consortium mix, ERCCs),spike-in RNA突变物(spike-in RNA variants, SIRVs...
云序m6A meRIP-seq Plus(spike in)通过在实验过程中加入两类人工合成的spike in:阳性Spike-In(带m6A修饰)和阴性Spike-In(不带修饰),与样品一起进行MeRIP实验及后续测序分析,根据spike in的检测信号对MeRIP实验进行质控,确保实验流程的准确性、可重复性及抗体的特异性! 优势四:测序到验证、靶标定位到分子机制,云序...
Spikein校正后,更能反映数据的真实性 图:常规normalization,不同投入量结果一致,不能体现样本的差异,利用spike in normalization后,真实展现样本间的差异。 Spike in校正缩小引入的差异 不同投入量细胞,spike in校正后,基因的富集倍率不受起始细胞投入量影响,定量更准确;低富集基因,spikein校正后,富集更明显。
目前,尽管已发表的RNA-seq DGE实验中spike-in对照并未得到广泛使用,但随着单细胞实验的开展这一状况可能会改变,因为单细胞RNA-seq中spike-in应用广泛,当然前提是这个技术能进一步优化达到稳定的水平。 阶段4-差异表达分析 获得表达矩阵后,就可以构建统计模型评估哪些转录本发生了显著的表达改变。有几个常用工具可以...
优势三:MeRIP-seq全面升级,spike in严格质控IP实验 云序m6A meRIP-seq Plus(spike in)通过在实验过程中加入两类人工合成的spike in:阳性Spike-In(带m6A修饰)和阴性Spike-In(不带修饰),与样品一起进行MeRIP实验及后续测序分析,根据spike in的检测信号对MeRIP实验进行质控,确保实验流程的准确性、可重复性及抗体的特...
Quantitative RNA sequencing usually requires cell counting and spike-in, which is not always applicable to many samples. Here, we present a novel quantitative RNA sequencing method independent of spike-ins or cell counting, named siqRNA-seq, which can be used to quantitatively profile gene ...
ERCC RNA spike-in controls (Thermo Fisher Scientific, cat. no. 4456740) were added to the RNA at the point of starting cDNA sample preparation at a final dilution of 1:1,000. Library preparation, sequencing and base calling Isolated RNA was kept on ice until quality control testing was com...
Lutzmayer S, Enugutti B, Nodine MD (2017) Novel small RNA spike- in oligonucleotides enable absolute normalization of small RNA- Seq data. Sci Rep 7:5913. https://doi.org/10.1038/s41598-017- 06174-3Lutzmayer S, Enugutti B, Nodine MD (2017) Novel small RNA spike-in ...