FASTQ文件可以直接通过FastQC进行质控分析。 数据格式一:BCL 对于BCL格式可以使用10x工具cellranger mkfastq,将BCL文件转换为FASTQ文件,转换需要提供csv矩阵文件(包含lane、sample和index三列数据),转换之后的FASTQ文件同样可采用FastQC进行质控。 单细胞RNA-seq数据分析总览 单细胞RNA-seq数据分析总览 1. 比对到参考基因组...
fastq格式是一种包含质量值的序列文件,其中的q为quality,一般用来存储原始测序数据,扩展名一般为fastq或者fq。目前illumina测序,BGISEQ,Ion Torrent,pacbio,nanopore都以fastq格式存储测序数据,其中illumina,BGISEQ一般是双末端测序,一般是一对文件,命名为_R1.fq.gz与_R2.fq.gz。下面是fastq格式常见的序列格式。 代码...
今天帮一个师妹做bulk-RNAseq的比对,她本次测序有25个样本,每个样本单独一个文件夹,内含 “_1.fastq”和“_2.fastq”两个文件。所以一共是50个fastq文件。 问题来了:针对大量fastq文件,如何做批量下载与比对?花了大概4个小时,帮她搞定,拿到了counts文件。 具体方案如下: 1.数据转移到服务器 本次测序数据由...
一般情况下,我们比较关注GC含量,Q20和Q30的比例以及是否存在接头(adaptor)、index以及其他物种序列的污染等。 2:去接头并质控 trim galore命令 tumxnew-s trim_galore trim_galore--illumina--fastqc--paired-o/home/wanghongli/teacherW/BMK_DATA_20220325154115_1/Data/1/*.fastq.gz --illumina:表示illumina接头...
fastq-dump --gzip --split-3 -o ./ /SRR1039508.sra 便开始生成SRR1039508_1.fastq.gz文件。 1.2 直接wget 这是一个研究对象为拟南芥的文章,所有的fastq数据存放于此, ID为E-MTAB-5130。 先获取.txt文件,再提取出URL,wget下载。 wget http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-5130/E-MTAB-51...
RNA-seq(RNA测序)数据分析通常包括以下几个步骤:数据预处理、质量控制、比对、定量、差异表达分析、功能注释以及可视化。每个步骤都有其独特的技术要求和工具。 数据预处理:RNA-seq实验产生的原始数据通常是FASTQ格式,包含了测序读段及其质量信息。数据预处理的目标是去除低质量的读段和接头序列。工具如Trimmomatic和Cutad...
如果大家想要了解测序原理,参考文章( 测序产生了那么多数据,你知道测序的原理吗? );如果大家想要了解测序数据格式,参考文章() 本文介绍RNA-seq的具体分析流程。 1、cutadapt去接头 我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件,需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下: ...
分析展示你的RNA-seq数据,从这里开始 我们自己将准备好的样品送到公司做转录组测序后,会得到一堆后缀为fastq.gz的Rawdata。然后在经过公司或者实验室人员将Rawdata进行比对后,得到了表达矩阵的数据。那么怎么对这几万个基因进行分析呢?有什么策略可以看到你想看到的东西呢?
第二次上传数据,步骤梳理: 登陆https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/ 先申请BioProject - 关联申请BioSample 审核较快 再申请BioSample - 填写批量申请表(单独申请在样本多时很麻烦),需要填入BioProject,审核较慢~3h 在集群里找到原始fastq数据 - 构建fastq目录结构 ...
转录组数据分析的主要流程: 数据准备。一般是fastq格式文件,或者是从数据库白嫖来的转录组数据,通常为SRA格式,后期要转为fastq格式。什么是fastq格式?自己查。 测序数据的质控。就是看一下这个测序后的数据可信度高不高,有没有污染之类的,只有评估过这些结果才能用来做下一步分析,否则后面分析的东西不对也是百分心...