6G数据, 6X1024X1024X1024 位(个碱基) →虽然会有波动,会受一些随机误差影响,但是reads数很多,coverage很高,表达量的测量很准 overview: RNA-Seq ① RNA →mRNA → 反转录为DNA ② 打断为fragments ③ 加上adapter ④ pcr扩增 ⑤ 建库(双链,两条链+ - 都有) ⑥ 基因测序(双端vs单端测序) illumina 双端...
我们经常会建议老师:“3个生物学重复样本(2G/样本)的定量准确性 大于 单个样本6G数据量。即相同的总数据量拆分到更多的生物学重复中,实际上定量可靠性是提高了。”这个结论的出处是哪里? 下面,我们通过一篇参考文献解答这个问题。 背景:这篇2012年 BMC genomiss的方法学文章,主要讨论了生物学或技术重复、单样本测...
我们经常会建议老师:“3个生物学重复样本(2G/样本)的定量准确性大于单个样本6G数据量。即相同的总数据量拆分到更多的生物学重复中,实际上定量可靠性是提高了。” 这个结论的出处是哪里? 下面,我们通过一篇参考文献解答这个问题。 背景:这篇2012年 BMC genomiss的方法学文章,主要讨论了 生物学或技术重复、单样本测...
RNA-seq现在已经很便宜了,比基因芯片还便宜很多。 测序中收费标准之一来源于数据量(即测序深度),刚刚说了,市场上最流行的的RNA-seq服务数据量是6G/样本,即40M reads或者20M paired reads ,这时候确实比很多芯片都便宜了。但是如果希望更准确检测中、低丰度RNA,就需要更深度的测序保证数据可靠性,这就会导致测序成...
建议数据量:6G/8G/10G clean data 测序策略:PE150 欧易转录组测序技术优势 1. 建库实力过硬 坚持使用Illumina原装试剂盒 12年文库构建经验 2. 灵活定制、内容详实的生物信息学分析 20余人分析团队,每个项目由专人负责到底、全程服务 项目经验丰富,能满足客户个性化定制分析需求 ...
为了弄清楚 LOXL2 过表达/沉默成纤维细胞调节 T24 细胞的机制,在 CAF 中 LOXL2 敲低后处理 RNA-seq(图 6G)。IL32 被确定为 DEG 中唯一的可溶性因子(图 6G,H)。GSEA 显示细胞因子-细胞因子受体相互作用在 LOXL2 敲低的 DEGs 中富集(图 6I)。此外,在线工具 GEPIA 显示 LOXL2 和 IL32 之间呈正相关(...
我们经常会建议老师:“3个生物学重复样本(2G/样本)的定量准确性 大于 单个样本6G数据量。即相同的总数据量拆分到更多的生物学重复中,实际上定量可靠性是提高了。”这个结论的出处是哪里? 下面,我们通过一篇参考文献解答这个问题。 image 背景:这篇2012年 BMC genomiss的方法学文章,主要讨论了生物学或技术重复、单...
市场上最流行的的6G数据量的RNA-seq,其实就是40M reads或者20M paired reads,对于研究高表达丰度的基因来说,差不多是够用了。但是对于中、低表达丰度转录本就不够用了。 常见误区二: RNA-seq可以同时检测已知和未知基因,基因芯片只能检测已知基因,这是一个巨大的局限。
生存曲线显示,与低风险组患者相比,高危组患者的OS更差(图6E)。此外,它还显示,在预测TCGA队列中这些个体的OS方面,风险评分具有良好的表现(1年,3年和5年OS的AUC:0.800,0.753和0.691)(图6F)。此外,在GSE68465队列中观察到类似...
为了进一步探索TLS的功能,研究者构建了CD4CRE;Bcl6fl/fl小鼠,可以特异性地消耗Tfh细胞。与皮下LLC模型不同,当LLC细胞腹腔注射后,可以诱导淋巴细胞聚集及TLSs。在LLC细胞腹腔注射后,没有Tfh细胞的小鼠中,肿瘤显著大于对照组(图6G-6I)。与此一致,肿瘤中的TLS数量在Tfh缺陷小鼠中也显著减少(图6J-6L)。