其原理同MeRIP-seq测序中MeRIP实验相同,实验基本操作也一致:对RNA进行片段化,然后将片段化后的RNA样品分为二部分:一部分用于免疫共沉淀实验(IP)后作为IP样品,另一部分不进行IP直接作为Input样品。之后再根据实验目的的不同,对两部分RNA片段进行逆转录和qPCR。 (Price A M, et al. Nat Commun. 2020) 4. MeRIP...
测序目的:RNA-Seq旨在了解转录组在不同条件下的表达情况,包括基因的表达水平、转录本的变异、转录后修饰等。而甲基化测序则主要用于揭示DNA的甲基化模式,探索甲基化与基因表达调控、细胞分化、疾病发生等过程的关系。 实验方法:RNA-Seq的实验流程通常包括RNA提取、文库构建、高通量测序和数据分析等步骤。而甲基化测序则...
一、实验目的： 2 二、实验大致流程 2 三、实验前的准备活动 2 3.1准备数据 2 3.2确定涉及软件是否安装完毕，及其输入输出文件。 3 四、实验过程 4 4.1.利用bowtie2-bulid命令根据提供的参考基因组序列建立对应的索引文件。 5 4.2.利用tophat命令将分别将代比较的reads maping到参考...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)。虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是它的主要应用...
6.数据可视化:将分析结果通过图表或热图进行可视化,更直观地展示差异表达基因和通路的变化。 综上所述,RNA测序实验方案主要包括样品处理、测序方法和数据分析。遵循这些步骤可以准确研究转录组的表达特征和mRNA表达数量的变化。当然,根据具体实验目的和条件,还可以针对性地进行进一步的优化和改进。©...
图6 微量MeRIP-seq实验流程 05 MeRIP-seq后续验证 无论是仅描述修饰位点分布特征的文章,还是深入研究修饰调控基因表达机制的文章,在进行高通量测序后,通常都需要对鉴定到的主要修饰位点进行后续的实验验证。 5.1 MeRIP-qPCR 1)MeRIP-qPCR的目的 与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点...
RNA-seq实验可以运用于多种场景,例如病例与对照,野生型与突变,或疾病与正常比较。 对于不同的场景,可以使用Scotty等工具计算出测序深度和重复数之间的最佳权衡,一般来说三个重复是分析的最小样本量;此外,实验设计中存在的额外重复是一个非常强有力的保障,可以用于识别异常样本,并在具体分析时进行移除或权重减弱。
实验平台灵活:碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主,可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。 性价比高:碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务,帮助您有效节约实验成本。 碧云天高通量测序技术服务客户须知: 样品寄出前,请给ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电...
RNA seq实验的标准步骤: 从生物样品中纯化核酸, 酶消化污染的基因组DNA, 去除丰富但信息量较少的rRNA, 将剩余转录物转化为互补DNA(cDNA), 对cDNA片段进行高通量测序, 将结果测序读数与参考基因组序列进行比对,并对对应于个体遗传特征的读数进行量化。