我们知道二代RNA-seq这个过程中会经过PCR扩增,但是PCR具有偏好性,这样就导致了有点序列扩增的多,有的少.在总扩增倍数相同的基础上,就会导致一定的假阳性 这次,我们就来总结下在RNA-seq中去重的工具,先盗个图 来自简书 sambamba 安装的方法多种多样,可以用conda,github之类都可以 我在这里就不在叙述 关于用sambamb...
为克服这个问题，Sentieon开发了对应的加速模块，包括了比对步骤的Sentieon STAR、去重模块、处理RNA junction的模块和变异检测模块，以期缩短分析流程的耗时。RNA变异检测 RNA变异（SNP和Indel）检测的重要性正在逐步被大家所认可。相比于DNA变异，RNA的变异对于异常蛋白的生成有着更加直接的意义，因此在临床上的应用也开始...
与DNA变异检测类似,RNA的变异检测流程同样遵循业界的金标准GATK流程,包括了STAR比对,去重,RNA split的处理,Indel重比对(可选),BQSR,以及最终的变异检测等多个步骤。在本次的流程搭建中,我们利用Sentieon最新开发的STAR加速模块,与其他可用加速模块一起,完成了全流程的RNA变异检测流程的搭建工作。 Sentieon RNA变异检测...
相对的,加速分析的重要性也在凸显,因为这直接关系到受试者能否及时得到准确的检测结果。 与DNA变异检测类似,RNA的变异检测流程同样遵循业界的金标准GATK流程,包括了STAR比对,去重,RNA split的处理,Indel重比对(可选),BQSR,以及最终的变异检测等多个步骤。在本次的流程搭建中,我们利用Sentieon最新开发的STAR加速模块,...
STARsolo的UMI去重、细胞barcode分离和细胞过滤方法有意重新使用Cell Ranger的算法。从STAR 2.7.9a版本开始,STARsolo还能够正确定量多比对read,使其成为快速准确的scRNA-seq处理的非常有吸引力的选择(Kaminow等,2021)。STARsolo的另一个好处是它可以灵活地实现细胞barcode和UMI搜索:了解其在read内的相对位置和每个序列...
1、向bam文件添加头文件并去重 代码语言:javascript 复制 gatk AddOrReplaceReadGroups \-I./SRR11178348Aligned.sortedByCoord.out.bam \-O./SRR11178348_rg_added_sorted.bam \-IDSRR11178348\-LBrna \-PLillumina \-PUhiseq \-SMSRR11178348&&\
与DNA变异检测类似,RNA的变异检测流程同样遵循业界的金标准GATK流程,包括了STAR比对,去重,RNA split的处理,Indel重比对(可选),BQSR,以及最终的变异检测等多个步骤。在本次的流程搭建中,我们利用Sentieon最新开发的STAR加速模块,与其他可用加速模块一起,完成了全流程的RNA变异检测流程的搭建工作。
STARsolo的UMI去重、细胞barcode分离和细胞过滤方法有意重新使用Cell Ranger的算法。从STAR 2.7.9a版本开始,STARsolo还能够正确定量多比对read,使其成为快速准确的scRNA-seq处理的非常有吸引力的选择(Kaminow等,2021)。STARsolo的另一个好处是它可以灵活地实现细胞barcode和UMI搜索:了解其在read内的相对位置和每个序列...
它包括使用普通flow cell 的测序平台上,桥式PCR产生的超大簇被判定为多个簇;以及使用规则流动槽(Pattern Flow Cell)的测序平台如Hiseq X ten、Novaseq,一个Flow Cell中的分子溢出被识别为多个簇。 针对Patterned Flow Cell引起的重复,可以通过Clum...
4.根据权利要求2所述的基于RNA-seq数据的肿瘤基因突变检测方法,其特征在于,所述预处理步骤包括:去重、分割含有N的CIGAR reads、插入缺失序列的重排以及碱基质量矫正。 5.根据权利要求2所述的基于RNA-seq数据的肿瘤基因突变检测方法,其特征在于,所述分析流程包括:进行低敏感度的2pass检测来防止由于过滤条件严格导致的假...