哪怕是到了2018年,RNA-seq仍然可以不做重复 先申明,只是说可以,但是并不推荐这样做!!! 很多benchmark文章推荐做RNA-seq的时候,每个处理最好是做5个以上的重复,当然,研究者为了节约经费,通常只做3个重复,更有甚者做两个也行。但是只做一个,往往就麻烦了,因为没办法进行常规的统计学检验看处理前后的差异表达的...
结论就是,只做生物学重复就行了,就像上面的第1种情况,此时,我们只需要测序5次即可,如果既做生物学重复,又做技术重复,那么我们就需要测序15次,相当于成本直接上升到原来的3倍。
文献一中提出，许多RNA-seq研究中的生物学重复不足，导致统计功效低下，测序资源未得到充分利用。该研究在人乳腺癌MCF7细胞系中进行实验，发现当读数增加到每样本10μM后，继续增加数据量对检测差异表达基因的统计功效影响逐渐减小，而增加生物学重复数在所有数据量下均显著提高统计功效。另一篇文献探讨了RN...
如果我们有生物学重复就不需要技术重复。为什么? RNA-seq变异的两个来源 生物的变异 没有两只老鼠会有完全相同数量的RNA转录本,即使它们的基因完全相同 从人类到果蝇,任何动物都可以这么说。 技术的变异 我们每次做实验,都会涉及到很多小因素,其中有些因素是完全随机的,所以即使是同一种生物,也不可能得到两次完全相...
RNA-seq仍然可以不做重复 RNA-seq仍然可以不做重复 很多benchmark文章推荐做RNA-seq的时候,每个处理最好是做5个以上的重复,当然,研究者为了节约经费,通常只做3个重复,更有甚者做两个也行。但是只做一个,往往就麻烦了,因为没办法进行常规的统计学检验看处理前后的差异表达的显著性。
该研究认为许多RNA-seq研究使用生物学重复不够,导致统计功效低下和测序资源的不充分使用。研究发现,在人乳腺癌MCF7细胞系中,10μM reads/样本后增加更多测序数据量,检测差异表达基因的统计功效增加趋于平缓,而生物学重复数增加在各数据量下均显著提高统计功效。
二代测序及基因芯片技术使得过去的十多年涌现出大量关于RNA-seq的研究。但似乎一些研究人员没有注意到，...
今天的推文主要是针对RNAseq数据处理这块,现在转录组的分析非常非常普遍,在大家的课题中,都会先去做一波RNAseq,而该分析最关键的步骤就是寻找不同的组别的差异表达基因。 大家都知道,生物学实验要求至少3个生物学重复,对于有生物学重复的数据(并且一般的转录组数据都会要求生物学重复,理论上我们做转录组测序,需要的样...
首先,回复态度一定要好。“审稿人大人,我知道生物学重复很重要,但是经费限制所以没有设置重复啊”。都是同行,轻虐……光光服软还不行,还要拿出真功夫,还是要从文章涉及的具体内容上回复审稿人的建议。 一般一篇RNA-seq类的文章,其结论主要涉及两个方面的问题。对于文章中结论中涉及的具体与某个性状相关的基因,还是...