其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)...
在单细胞RNA-seq (scRNA-seq)分析中,聚类和细胞类型分类是重要的步骤。随着越来越多的scRNA-seq数据可用,利用外部注释良好的源数据的监督细胞类型分类方法开始比非监督聚类算法流行起来;然而,现有的监管冰毒- ods的性能高度依赖于源数据质量,而且它们在分类源数据中缺失的细胞类型时往往精确度有限。本文章开发了ItClust...
随笔分类 - RNA-seq 寻找U2OS中表达的基因及其promoter并用于后续annotation 摘要:方法1.RNA-seq得到不同表达程度基因 方法2. 直接download U2OS_gene.csv https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines/download 最开始excel直接选用25%最高和25%最低,U2OS细胞共~16000基因,故复制前4000行的 阅读全文 ...
RNA-seq数据通常具有偏态分布,即计数数据在许多基因中可能很低(接近于零),而在少数基因中可能很高。这种分布模式不适合正态分布假设的许多统计方法。因此,在分析RNA-seq数据时,我们通常会使用专门为计数数据设计的统计模型,如负二项分布模型,这些模型能够处理这种过度分散的特性。 Qing Li 拓端分析师 以下是数据作为C...
文章分类 - 转录组分析实战第四节:转录组分析中的技术重复和生物学重复检查 摘要:前期的到的基因表达量矩阵,可以得到每个基因的表达量,然而由于我们在做实验过程中的重复(包括技术重复与生物学重复)理论上来讲是可以保持表达量在重复中的一致性。因此我们也可通过这个工作来检查我们是否有正确的重复数据。 Trinity...
草莓RNAseq数据处理时,怎么进行GO分类和KEGG富集? 关注问题写回答 登录/注册生物信息学 Go 语言 R(编程语言) 数据处理 转录组 草莓RNAseq数据处理时,怎么进行GO分类和KEGG富集?我的实验材料是草莓,最近在做GO和KEGG富集,在网上找的代码都是需要在AnnotationHub在线检索并抓取的OrgDb,可是我找到的草莓信息太旧…...
标题:tsRNA分类分析:seqac包 tRNA的二级结构如下: 根据其二级结构,tsRNA分类如下: 早期研究报道,tiRNAs通过血管生成素(ANG)切割成熟tRNA产生...
其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。近年来,**单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-...
RNA-seq数据通常具有偏态分布,即计数数据在许多基因中可能很低(接近于零),而在少数基因中可能很高。这种分布模式不适合正态分布假设的许多统计方法。因此,在分析RNA-seq数据时,我们通常会使用专门为计数数据设计的统计模型,如负二项分布模型,这些模型能够处理这种过度分散的特性。