提到RNA-Seq差异表达分析,大家首先想到的癌症与癌旁组织的表达差异分析。然而如果想探究不同时间下对目标产生的影响,此方法便失去作用,那么便出现了时序RNA-seq。今天我们为大家介绍一个可以做时序RNA-seq分析的R包maSigPro。 首先我们看下其安装还是需要借助bioconductor库进行安装,具体步骤参见以前的教程,我们呢不在...
例如,在研究骨髓样本时,造血干细胞被指定为低伪时间,而红细胞被指定为高伪时间。对于单细胞RNA测序数据,分配是基于细胞的转录组图谱。此外,构建通常需要指定整个过程开始的初始或等效的根细胞。 11.2 拟时序的建立 伪时间构建通常遵循一个常见的工作流程:第一步,将超高维单细胞数据投影到较低维的表示上。这一过程...
实验使用RNA-seq分析了db/db小鼠(T2DM模型)中DM介导的与AF发展相关的分子事件。共有2256个基因在不同时间点的DM心房中差异表达。其中MAPK10定位于基因网络的中心,敲除MAPK10通过抑制炎症、纤维化、电紊乱和凋亡,减少结构重构和电重构,从而减轻DM诱发的AF。本研究提示MAPK10是DM相关性房颤的重要调节因子,有可能成为今...
摘要参考翻译:真核细胞功能的动态转录机制现在可以通过RNA测序进行分析。然而,目前用于分析原始测序数据的软件包无法自动分析具有多种生物条件和多个分析时间点的复杂实验设计。MultiRNAflow suite在一个统一的框架中结合了多个软件包,可对多种生物条件下的时间数据进行探索性和监督性统计分析。R软件包MultiRNAflow可在Bioc...
提到RNA-Seq差异表达分析,人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达,比如说癌组织与癌旁等。但有时候研究人员想要探究某种实验处理方法在不同时间下对目标产生的影响,就会出现时序RNA-Seq,也就有了RNA sequencing time course data。传统两个实验条件下的差异表达已经研究的很成熟了,但时序RNA-Seq的差异表达分析尚处...