总体来说,基因的本身特征如基因长度,GC含量等,RNA-seq的建库方式以及基因表达量算法均会影响基因的表达量计算,使计算出的表达量与实际有所出入,从而与qPCR的定量结果之间存在差异。如若二者结果出现相反,也在情理之中。这也是任何一个技术获得结果之后需要多方验证的原因之一。 参考文献 [1] Bias detection and corre...
通过RNA-seq,发现目标基因在处理组与对照组之间显著差异表达,与试验预期结论一致。于是很开心地通过qPCR进行进一步的验证,结果却傻眼了,qPCR并未显示出基因表达在两组间存在差异? 或者反过来的情形,已经通过qPCR检测到目标基因在处理组与对照组之间的表达水平存在很大差异,但是却发现RNA-seq的基因表达定量并无明显区别,...
类似地,如果RNA-seq获得了基因表达的差异,而qPCR没有检测到差异,可能恰好设计的qPCR引物扩增了一段无明显表达变化的外显子区域中。这种情况下,也可以使用IGV等基因组浏览器查看测序序列和基因组比对的BAM文件,找到该基因中变化明显的外显子区域,然后针对该区域的序列重新设计qPCR引物,应该就能检测到显著的区别了。
类似地,如果RNA-seq获得了基因表达的差异,而qPCR没有检测到差异,可能恰好设计的qPCR引物扩增了一段无明显表达变化的外显子区域中。这种情况下,也可以使用IGV等基因组浏览器查看测序序列和基因组比对的BAM文件,找到该基因中变化明显的外显子区域,然后针对该区域的序列重新设计qPCR引物,应该就能检测到显著的区别了。
可以理解为把基因的所有转录本的exon的reads和作为这个基因的表达值了。这是RNAseq和qPCR结果不一致的...
(3)花色苷合成相关差异基因 qPCR 分析 基于基因表达量(FPKM>10)和其与花色苷含量的相关性(|r|>0.85),筛选了3个R2R3-MYB基因(FaMYB82、FaMYB6和FaMYB90)和9个差异结构基因(FaPAL、Fa4CL-1、Fa4CL-2、FaF3H-1、FaF3H-2、FaDFR、FaANS、Fa3...
1)首先是数据的准备。很多老师的实验设计比较复杂,可能是多个品系,每个品系多个时间点,再加上RNA-seq和qpcr的数据,要呈现在一张图形上的话看似比较复杂,其实也很简单。关键就在数据准备。以两品系+三时间点为例,如下图所示,数据的关键在于中间的空格。(是不是很简单啊)然后,全选数据,选择折线图,如图所示: ...
BioDynami RNA Seq建库试剂盒,英文名称为RNA Seq Library Prep Kit,适用于illumina和MGI平台。BioDynami建库试剂盒品种多、产品系列全、操作时间短、操作步骤简单、质量有保障,RNA建库试剂盒价格合理,快来选购吧!
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毕竟bulkRNAseq的RNA提取和平时没有差别；而如果你做的是单细胞测序qPCR这头很可能和细胞种类数量加权...