其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。近年来,单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)...
通过使用不同的scRNA-seq数据进行全面的评估,发现ItClust能够显著的提高聚类和细胞类型分类的准确性。随着scRNA-seq在生物医学研究中的日益普及,未来希望ItClust将更好地利用大量现有的经过良好注释的scRNA-seq数据集,并使研究人员能够准确地对研究中的细胞进行聚类和注释。 1 背景 随着单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术...
RNA-seq数据通常具有偏态分布,即计数数据在许多基因中可能很低(接近于零),而在少数基因中可能很高。这种分布模式不适合正态分布假设的许多统计方法。因此,在分析RNA-seq数据时,我们通常会使用专门为计数数据设计的统计模型,如负二项分布模型,这些模型能够处理这种过度分散的特性。 以下是数据作为CPM(每百万计数)的即时...
在单细胞RNA-seq (scRNA-seq)分析中,聚类和细胞类型分类是重要的步骤。随着越来越多的scRNA-seq数据可用,利用外部注释良好的源数据的监督细胞类型分类方法开始比非监督聚类算法流行起来;然而,现有的监管冰毒- ods的性能高度依赖于源数据质量,而且它们在分类源数据中缺失的细胞类型时往往精确度有限。本文章开发了ItClust...
近日,中国和美国的研究人员Jian Hu等人在《Nature Machine Intelligence》上发表了一篇名为“Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis”的文章。文中开发了一种转移学习算法ItClust,借鉴了来自监督细胞类型分类算法的想法,利用了目标数...
随笔分类 - RNA-seq 寻找U2OS中表达的基因及其promoter并用于后续annotation 摘要:方法1.RNA-seq得到不同表达程度基因 方法2. 直接download U2OS_gene.csv https://cancer.sanger.ac.uk/cell_lines/download 最开始excel直接选用25%最高和25%最低,U2OS细胞共~16000基因,故复制前4000行的 阅读全文 ...
RNA_seq 随笔分类 -RNA_seq 网页工具KOBAS进行KEGG富集分析 摘要:KOBAS的介绍 KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具,用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍: KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation (Anno阅读全文...
标题:tsRNA分类分析:seqac包 tRNA的二级结构如下: image-20230903154931207 根据其二级结构,tsRNA分类如下: 早期研究报道,tiRNAs通过血管生成素(ANG)切割成熟tRNA产生,而tRFs来源于Dicer或ANG切割成熟tRNA或tRNA前体。根据成熟或前体tRNA转录本中的裂解位点,可以分为以下几类: tRF-1:来源于前体tRNA,在3' trailer部...
RNA-seq数据通常具有偏态分布,即计数数据在许多基因中可能很低(接近于零),而在少数基因中可能很高。这种分布模式不适合正态分布假设的许多统计方法。因此,在分析RNA-seq数据时,我们通常会使用专门为计数数据设计的统计模型,如负二项分布模型,这些模型能够处理这种过度分散的特性。
RNA-seq数据通常具有偏态分布,即计数数据在许多基因中可能很低(接近于零),而在少数基因中可能很高。这种分布模式不适合正态分布假设的许多统计方法。因此,在分析RNA-seq数据时,我们通常会使用专门为计数数据设计的统计模型,如负二项分布模型,这些模型能够处理这种过度分散的特性。