挑选显著差异表达的12个unigene(6个上调,6个下调),通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的(图4),说明了RNA-Seq结果的可靠性。 图4 qRT-PCR表达水平验证 参考文献:Matsubara N, Munehara H, Takahashi R, et al. Acoustic property of sound production by fat greenling (Hexagrammos...
验证:再做10个左右的qRT-PCR技术验证,推荐继续做功能验证,如果要发表高分文章,尤其是疾病研究文章,还需大样本量的验证。 另外,对于无参考序列的物种,混合所有样本做一个转录组de novo组装后作为参考序列。 公式2:样本选择公式 “实验组+对照组”,样本选择要充分考虑基因差异表达来源进行样本选择,科技君也概括了一个...
验证:再做10个左右的qRT-PCR技术验证,推荐继续做功能验证,如果要发表高分文章,尤其是疾病研究文章,还需大样本量的验证。 另外,对于无参考序列的物种,混合所有样本做一个转录组de novo组装后作为参考序列。 公式2:样本选择公式 “实验组+对照组”,样本选择要充分考虑基因差异表达来源进行样本选择,科技君也概括了一个...
公式解释:(实验组+对照组) ×生物学重复数:如果实验组和对照组一共4个样本,做3个生物学重复,则样本数是4×3=12个;建议生物学重复数至少3个。 RNA-Seq数据挖掘:找到关键基因、功能和通路 验证:再做10个左右的qRT-PCR技术验证,推荐继续做功能验证,如果要发表高分文章,尤其是疾病研究文章,还需大样本量的验证。
这些基因的表达变化通过反转录定量PCR(qRT-PCR)测量。平均而言,DESeq2在不同的定量方案选择下表现优于其他技术,而sleuth、edgeR和limma的表现略低,这印证了参考文献7的结果。对于所有准确度测量,Cuffdiff和Ballgown的准确度一直低于基于原始计数的技术。Salmon-SMEM、Salmon-Aln、kallisto和eXpress与基于原始计数的方案...
单细胞转录组帮助了解细胞的异质性,解析细胞在生命发育过程中的基因表达变化。以单细胞转录组为中心的多组学联合分析有利于更好地理解基因变化与表型变化之间的关联性,成为解析生命进程的有力工具! 基迪奥生物拥有丰富的单细胞测序项目经验,已发表客户文章数目遥遥领先。以单细胞转录组为中心,不管是常规分析,还是构建与单...
通过使用有效转录本长度,ERPKM与RPKM相比并没有改善归一化结果。 在结合丰度估计归一化方法后,对归一化结果进行了改进。 特别是RPKM和Salifish结合,我们建议研究者在未来的分析中作为一种归一化方法,几乎可以取代QRT-PCR,因为观察到了近0.8的相关性。 而且,Salifish是无比对的,比RSEM更节省时间。 RSEM也产生了良好...
这是一篇关于大泷六线鱼无参考基因组的转录组项目文章,影响因子为3.185。本文对正常和病菌感染的大泷六线鱼脾脏进行RNA测序并对测序结果进行qRT-PCR验证,文章内容简单,结果转化率却很高,可为其他客户提供一个很好的借鉴和参考。 测序材料:对照组(TG)和病菌感染组(CG),每组3个重复,每个重复由5条鱼混样 ...
单细胞转录组帮助了解细胞的异质性,解析细胞在生命发育过程中的基因表达变化。以单细胞转录组为中心的多组学联合分析有利于更好地理解基因变化与表型变化之间的关联性,成为解析生命进程的有力工具! 基迪奥生物拥有丰富的单细胞测序项目经验,已发表客户文章数目遥遥领先。以单细胞转录组为中心,不管是常规分析,还是构建与单...