转录组测序简称RNA-seq,是一种高通量技术,用于分析细胞或者组织在特定条件下的RNA分子组成,换句话说,RNA-seq是对某个条件下生物体的转录状态拍了一张快照。通过这种技术,研究人员可以了解基因表达的模式,包括哪些基因被激活或抑制,以及它们的表达水平如何变化。 近年来,随着测序成本的不断降低,RNA-seq已经成为生物学...
单细胞转录组测序的兴起：单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术可以解析单个细胞的基因表达谱，揭示细胞异质性和亚群特征，已成为转录组学研究的前沿领域。多组学整合分析：将转录组数据与基因组、表观组、蛋白质组、代谢组等多组学数据进行整合分析，揭示基因调控网络和复杂生物过程的系统性理解，是未来研究的重要趋势。...
新软件:Sailfish118, Kallisto119,Salmon【计算效率高、免费、直接映射不需要单独量化步骤、适用于较长的转录本、在低丰度转录本方面不准确】 第二步:转录本丰度量化 一旦序列读数被映射到转录组或基因组的位置上,即可将其分配到基因组或转录本确定丰度。量化采用的方法会对结果产生重大影响,利用转录组注释信息与已知...
转录组学(transcriptomics)的研究对象是全基因组尺度下所有转录本(transcript),即转录组(transcriptome) 转录本测定研究 基于杂交的基因芯片技术 将荧光标记的cDNA制成微阵列探针来测定样本中特定转录本含量。又称为 基因芯片(Gene Chip)、微阵列(Microarry)。
转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核糖体RNA,转运RNA及非编码RNA,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据...
RNA-Seq(RNA sequencing),也称为全转录组测序,是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息,可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子,包括mRNA、非编码RNA和小RNA。 RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着,通常会使用一种叫作逆转录的过程将...
转录组测序和RNA-seq通常指的是同一种技术。 在某些文献中,"转录组测序"可能被用来泛指一切类型的转录组学研究方法,包括RNA-seq和其他可能的转录组测序方法(如单细胞RNA-seq、靶向RNA测序等)。但在大多数情况下,转录组测序特指利用高通量测序技术进行的转录组学研究,即RNA-seq。
针对含有免疫细胞的样本，基于转录组测序数据分析BCR/TCR免疫组库即是其中一个很新颖的角度。我们知道，对于B/T免疫细胞而言，其表达两类特别的基因，即BCR和TCR，这两类基因通过重组重排形成多样性非常高的不同克隆型，其编码的蛋白分别是B细胞和T细胞实现特异性体液免疫和细胞免疫功能的关键性免疫分子，对免疫学的...
RNA测序()在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译()和RNA结构组(结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学()也在积极研究中。通过结合新...