表一MET 14号外显子跳跃检测:DNAseq vs RNAseq 左侧表格为非头对头研究数据,右侧表格为头对头研究数据 泛癌人群的基因组图谱研究中,发表在国际顶级期刊Nat Biotechnol上的一篇研究对500例不同肿瘤类型的患者样本进行DNAseq和RNAseq[4],研究结果提示在泛癌人群中,相比DNAseq,RNAseq可检测出更多融合基因(图5)。 ...
结果显示,在高GC含量下DNA探针具有更好的均一性。然而,很多高GC的区域并不在DNA探针的coverbed中。 AT/GC dropout 的概念是 应比对到GC含量大于或者小于50%的区域却比对到其他位置的reads总和。如图Fig6所示,RNA探针的AT/GC dropout 值都很低,DNA探针的GC dropout 较低,但是AT dropout较高。结果表明,不同类型...
故用传统的PCR直接扩增断裂点是不易实现的,采用NGS的方法设计探针去抓取断裂点是一种可行的检测方法,但从DNA水平检测融合基因不可避免存在如下局限性和挑战:1)融合基因检测要覆盖非常冗长且含有大量重复序列的内含子区域才能准确地找到融合断裂点;2)高GC含量不利于探针有效捕获目标区域片断;3)不同基因的内含子含有非常...
两种策略同时检测到50%(26/52)的基因融合,其余50%通过DNA或RNA面板测序互补发现(图 1 E)。令人惊讶的是,DNA面板测序对ALK、ROS1、RET、NTRK或METex14的基因融合类型的检出率高于使用RNA面板(图 1 F)。这些数据表明,DNA测序结合RNA测序相结合可以更全面和可靠地显示NSCLC队列中基因的变异。 图1.根据CSCO的临床...
目前,基因组DNA(gDNA)和全外显子测序(WES)通常用于NGS基础靶向治疗分析肿瘤组织样本中的变异,这些变异包括单核苷酸变异(SNV)、插入/缺失变异(indel)和拷贝数变异(CNV)。与此同时,信使RNA(mRNA)已被更广泛地用作识别融合和进行基因表达分析的输入模板。然而,由于表达水平变化较大,mRNA很少用于检测SNVs或indel等体细...
与DNA类似,RNA分子通过碱基互补配对形成特定的二级结构,这些二级结构在RNA结合蛋白(RBP)及其他生物大分子的调控下进一步折叠,形成复杂的三维高级结构。这些二级结构和高级结构,以及RNA与其他生物大分子(例如其他RNA分子、RBP)之间的相互作用决定了...
但传统的DNA下一代测序技术(Next-Generation Sequencing,NGS),在效果上就要差一些。当癌症涉及到ROS1、ALK、MET等基因突变和融合时,NGS存在着假阴性率较高的问题。此外,也有研究显示,当患者的DNA测序没有明显异常时,补充RNA测序有可能检测到MET 14外显子跳跃突变或其...
在过去十年中,DNA 和 RNA 下一代测序(NGS)技术迅速发展,变得更快,更具成本效益,且技术要求更低,改变了分子诊断的格局。在儿童癌症中,基于RNA测序(RNAseq)的融合基因检测显示出比传统方法更高的灵敏度,使诊断率提高了约40%。2018 年,RNAseq 和全外显子组测序(WES)导致鉴定出至少 5 个成人弥漫性大 B 细胞...
snRNA-seq的一个主要局限是无法对细胞质DNA进行测序,因为它只能收集和分析细胞核转录本。由于某些转录本在细胞核中的丰度较低,因此它们不大适合用snRNA-seq进行分析4。 scRNA-seq 就目前来说,scRNA-seq仍是研究细胞异质性时最常用的工具,有许多技术和流程是围绕它来设计的。这种方法能够对细胞质和细胞核转录本进行...
SNVs的鉴定可以通过各种分子遗传学技术进行,包括最流行的技术,如聚合酶链式反应、微阵列、Sanger测序和NGS。在单细胞水平上的SNV的鉴定通常是通过DNA测序来完成的。最具信息性和概念正确的方法是Tapestri平台(Mission Bio)中的scDNA-seq。然而,SNV的分析可以基于scRNA-seq数据进行,这也可以提供基因表达的信息。在这种...