为了探索观察到的发育等级的调控基础,研究者前瞻性地富集了来自同一样本的选定 的LCH 子集,研究者确认了 BRAF V600E突变率和细胞克隆性(图 3H 和 I)。研究者使用测序 (ATAC-seq) 在祖细胞样细胞亚群 LCH-S1 和两个分化细胞亚群 LCH-S11 和 LCH-S12 的富集细胞上通过转座酶可及染色质测定法进行染色质分析。...
RNA-seq中CpAGL18表达情况说明其在番木瓜果实成熟过程中起着关键作用。RNA-seq和ATAC-seq联合分析关键基因中CpACS1和CpSAUR32具有MADS结合位点。亚细胞定位结果显示CpAGL18共定位于细胞核和质膜(Fig. 7A)。酵母单杂结果显示CpAGL18与CpACS1、CpSAUR32的启动子结合(Fig. 7B)。双荧光素酶报告基因结果显示,当CpAGL18...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC-seq峰在可能包含许多启动子的CpG岛上高度富集,表明DNA甲基化可能在心脏成纤维细胞的激活和分化过程中的染色质重塑中起作用。PCA图...
低温胁迫下ATAC-seq结果概述 ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC 检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特…
ATAC-seq技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,该区域可以与其对应的motif(转录因子)相结合,从而调控下游基因的表达。所以ATAC-seq与 RNA-seq 联合研究,可以进一步研究潜在的转录调控...
该研究将ATAC-seq和RNA-seq数据与泛基因组分析结合,展示了袖蝶属蝴蝶的染色质结构的相似性和发育过程中翅膀和前翅的染色质可及性和基因表达的差异,通过功能实验鉴定和验证了一个新的功能CRE在趋同表型中的调控机制。 研究背景科普 诗神袖蝶(Heliconius melpomene),又名红带袖蝶,属于蛱蝶科袖蝶属的一个物种。世界...
本次报告围绕以下内容展开:1.ATAC-seq技术简介2.ATAC-seq数据分析讲解3.ATAC-seq与RNA-seq联合应用案例分享技术咨询请加微信号:wt119666, 视频播放量 5707、弹幕量 9、点赞数 62、投硬币枚数 30、收藏人数 321、转发人数 91, 视频作者 臻阅生物, 作者简介 表观基因组领跑
1、RNA-seq 材料:miNSC(第10代小鼠诱导性神经干细胞)、小鼠皮质神经干细胞(SCR029)和小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)。 测序平台:Illumina HiSeq 4000。 2、ATAC-seq 材料:35000个MEF细胞,50,000个miNSC10细胞,50,000个SCR029细胞。 测序平台:Illumina HiSeq X Ten。