转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
下面是一些关于RNA-Seq基因表达量的基本概念: 1.基因表达量的测量单位: 基因表达量通常以FPKM(每百万个碱基对的片段数)或 TPM(每百万个转录本的片段数)为单位来表示。这些单位考虑了测序深度和基因长度的因素,使得可以比较不同基因在不同样本中的表达水平。 2.表达量计算过程: RNA-Seq数据的处理包括质量控制、...
基于PacBio技术的Iso-Seq能够检测长达15 kb的全长转录本cDNA reads,这有助于发现大量先前未注释的转录本,并通过全长测序确认了早期基于跨物种同源序列的基因预测结果。在标准的Iso-Seq实验流程中,模板置换逆转录酶可以将高质量RNA转化为用来测序的全长cDNA。然后将得到的cDNA进行PCR扩增,并构建PacBio单分子实时(sing...
short-read,long-read和direct RNA-seq分析: 人体中,超过90%的基因(gene n)会发生可变剪接,并生成至少两种不同的表达形式(转录本x,y)。相比于long-read测序可以直接测到每一种不同的转录本,从而获得更全面的信息,short-read的测序在检测转录本上受限于短reads比对的模糊性。在short-read cDNA测序中,有很多read...
🔬 RNA-Seq的应用 RNA-Seq可以帮助我们了解各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。它可以检测正常组织和肿瘤组织之间的差异、药物治疗前后基因表达的差异,以及发育过程中不同发育阶段、不同组织之间的基因表达差异等。最常见的就是检测所有mRNA的表达量的差异。🔧 RNA-Seq的步骤...
RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。由于完整版过长,因此分为两部分,需要获取完整版的,请跳转文末。
RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对工具也不适用于所有分析。此外,本教程的重点...
差异基因表达分析是一种常见的生信分析方法,是每个生信人都必须掌握的技术,本文将使用R语言演示如何利用limma包分析TCGA的RNA基因表达矩阵。 首先,准备好所需的数据,如下图所示,基因表达数据为一个包含样品与基因的矩阵。 首先,打开R之后先加载所需的R包。其中,limma是差异基因表达分析的一个常用R包,ggplot2和ggrep...
RNA-seq是一种对基因表达研究方法,可以用来检测基因的表达水平、转录多样性、基因结构的变化以及表达水平变化的模式。RNA-seq差异表达基因分析主要是检测每组样本中表达较高或较低的基因,以此来识别在条件之间表达差异的基因。通常使用RNA-seq差异表达基因分析时,会将基因分为上调基因和下调基因,而下调基因指的是新的...