传统的融合基因检测方法主要包括Fluorescence in situ hybridization（FISH）和实时定量聚合酶链反应（RT-PCR）。然而，这些方法只能检测单个融合基因，无法识别新的融合基因伴侣或解析复杂的结构重组。而靶向RNA-seq技术可以克服这些限制，其敏感度高，能够检测到罕见或较低表达的转录本。靶向RNA-seq的优势在于能够在一个...
具体方法,一般情况下取0.级妒室岩毫尔修王态保洋5ugRNA样品,补水至总体积约3~10ul,以4、5uL为佳。加入适量loa景段言门丰项斤技边ding buffer及EB(或其他染色剂)混合。按照RNA样品种类不同配置1.3%~1.7%浓度的琼脂糖凝胶。缓冲液配方网上可查。进行电泳。并在紫外灯下观察条带。 全程保证无RNA酶环境,且越...
利用快速甲醛固定,ARTR-seq可以在短时间内(10分钟)捕获RBP的动态RNA结合。 广泛使用的识别RBP的靶点的方法是基于特定RBP及其结合RNA的免疫沉淀(IP),通过直接RNA免疫沉淀(RIP)或共价捕获辅助的交联沉淀(CLIP), 通过RIP或CLIP使用靶向RBP的抗体来富集与特定RBP结合的底物RNA,然后进行高通量测序来描绘整个转录组中的RBP...
在这项研究中，该研究团队开发了基于原位逆转录原理的RNA结合蛋白靶点测序新方法ARTR-seq (assay of reverse transcription-based RBP binding site sequencing)，实现了超低细胞起始量 (20个细胞) 和单个组织切片中的RBP靶点的检测，并能够捕捉RBP与 靶标RNA之间动态相互作用。在ARTR-seq方法中 (图1)，研究人员...
本发明公开了一种基于Nanopore宏基因组RNA‑seq的生物信息学检测病原体的方法。本发明将宏基因组测序和Nanopore单分子实时测序有机结合,应用于临床标本的病原体高通量检测。Nanopore单分子实时测序所需起始RNA量大,临床标本提取的RNA的量不能满足其建库要求,本发明采用随机引物扩增将RNA极大的富集,使其能够应用于临床...
本发明公开了一种基于RNA‑seq数据的肿瘤基因突变检测方法,包括以下步骤:收集并分别整理出不同肿瘤、疾病高发的基因突变,建立一个高优先级突变检测的基因列表及突变位点数据库;收集并整理出目前已经具有明确的靶向或化疗药物作用位点的基因突变及基因数据库;建立基于RNA‑seq的基因突变注释数据库;收集整理出用于RNA‑...
瘤基因突变检测方法,包括以下步骤:收集并分 别整理出不同肿瘤、疾病高发的基因突变,建立 一个高优先级突变检测的基因列表及突变位点数 据库;收集并整理出目前已经具有明确的靶向或 化疗药物作用位点的基因突变及基因数据库;建 立基于RNA‑seq的基因突变注释数据库;收集整 ...
患者30岁女性,患有白血病m5b,想了解NGS和RNAseq检测费用及检测方法。 医生建议 NGS和RNAseq检测费用一般为200-3000元,具体费用需根据检测项目和医院收费标准而定。同时检测两个项目需要5000元。白血病m5b没有治愈的可能,移植也没有希望。生存期无法确定。 医患交流 对话原文 白血病NGS和RNAseq 您好,我是百度健康赵...
通常,RNA-seq研究产生的reads要基于映射到目标基因组或de novo组装的转录组的情况分配给基因或其他分类单元。有一些RNA-seq数据的基因表达水平定量方法仍在研究中。可变剪切转录本和亚型表达的复杂性使得其成为一个活跃的研究领域。因为亚型检测不是本文的重点,有兴趣的读者可参考Hiller等(2009)和Salzman等(2011)及其...
本发明公开了一种基于Nanopore宏基因组RNAseq的生物信息学检测病原体的方法.本发明将宏基因组测序和Nanopore单分子实时测序有机结合,应用于临床标本的病原体高通量检测.Nanopore单分子实时测序所需起始RNA量大,临床标本提取的RNA的量不能满足其建库要求,本发明采用随机引物扩增将RNA极大的富集,使其能够应用于临床.本发...