做单细胞转录组测序的原始数据,一般都是上传到NCBI的GEO数据库的。 GEO数据库长这个样子: 拉到下面可以看到sample和project,是存放原始数据(fastq测序文件)所在。 但原始测序数据一般比较大,特别是scRNAseq,一个样本的双端测序数据文件压缩后至少50G起。另外就是拿到原始测序数据,需要跑cellranger比对, 一方面不是所有...
生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 生信入门第九课:PCA、相关性、热图和火山图及代码详解 生信入门第十课:Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详 生信入门第十一课:基因集富集分析原理和R代码 生信入门第十二课Cytoscape绘PPI网络图并用cytohubb...
GEO:Submit RNA-seq, ChIP-seq, and other types of gene expression and epigenomics datasets. 也就是我们常用的基因表达数据,这里可以上传处理后的数据,如count和TPM,FPKM等 BioProject & BioSample:这是NCBI的核心组织架构,一篇文章就是一个BioProject,一个project里可以包含多个BioSample 推荐:在上传所有数据前,...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 本节概览:1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux... 嘿嘿嘿嘿哈阅读 18,427评论 0赞 58 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts... 本节概览:hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件,hi...
转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(至于后边的测序仪型号什么的可以咨询给您做项目的销售)。 7)接下来就是最后一步了,上传数据。在这里,我们可以安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输(下载地址:https://downloads...
生信入门第七课:使用FastQC软件进行测序原始fastq数据质控 生信入门第八课:RNA-seq比对、定量和差异分析 生信入门第九课:PCA、相关性、热图和火山图及代码详解 生信入门第十课:Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详解 生信入门第十一课:基因集富集分析( Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)原理和R代码 生信入门第十...
转录组的数据选项依次是:library strategy: RNA-seq; library source: Transcriptome; library selection; layout: paired。(至于后边的测序仪型号什么的可以咨询给您做项目的销售)。 7)接下来就是最后一步了,上传数据。在这里,我们可以安装一个IBM的软件——Aspera Connect用于大数据传输(下载地址:https://downloads...
RNAseq(转录组)数据提交 NCBI 快速入门指南 RNAseq数据提交NCBI快速入门指南 官网：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 一上传前准备工作 1申请NCBI账号：点击申请账号
RNAseq(转录组)数据提交 NCBI 快速入门指南 RNAseq数据提交NCBI快速入门指南 官网：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 一上传前准备工作 1申请NCBI账号：点击申请账号