这里不建议通过GEO上传raw data,直接去SRA数据库。 不要用ftp,除非你的网速和机器十分优秀和稳定,否则建议用aspera。【我用ftp就一直被ncbi拒绝连接】 构建好project喝sample之后,填好sra中fastq与sample的对应关系就可以开始上传了。 注意:填表的时候一个biosample最多只能有256个fastq文件,如果超过了就必须分批上传。
如果不是特别重要的数据,建议还是上传了立即release,否则还得单独写email去release。 多个fastq最好下载meta文件到本地,filename要拓展一下,否则后果很严重,很多fastq会被直接忽略。 顺序一定要对,先申请bioproject,然后biosample(关联一下),最后申请SRA(也要关联),一定要下载SRA meta的文件,拓展filename。 关于多物种...
不能。没有原始数据就意味着存在科研不严谨甚至数据造假的嫌疑，既然有处理出来的数据，那么公司肯定还有...
第三种文件 Raw data files,也就是测序原始数据。一般接受fastq格式(上传fastq压缩文件即可),以及SRA数据库接受的其他格式。 将所有文件整理放置到同一个文件夹内,文件夹名称最好命名为GEO帐号的名称。 第四步 使用Filezilla上传数据 整理好文件之后准备开始上传。数据上传前需要安装软件Filezilla(可百度可谷歌,so easy...
上传所需文件 ①metadata表格:下拉见细节描述中有模板表格下载,下载后依据上传数据类型填写表格,具体参数比较容易理解,比如RNA-seq模板 metadata RNA-seq填写模板 ②processed-data处理后数据:基因表达量文件(readcount或FPKM),需要换成文本txt格式; ③raw file对应原始数据raw data中的压缩包名称,以fq.gz结尾,由于是...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米( Zea mays ),拟南芥( Arabiodopsis thaliana ),酿酒酵母( Saccharomyces cerevisae ),鼠( Mus musculus )和人( Homo sapiens )。虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始...
版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领文档简介 1、RNA-Seq项目常见问题与解答这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热,RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中,有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑...
RNA-Seq reads:短片段RNA序列;Align reads to genome:与基因组数据比对;Genome:基因组;Assemble transcripts de novo:从头组装转录子;More abundant:高丰度;Assemble transcripts from spliced alignments:通过与各种剪接方案比对组装转录子;Align transcripts to genome:将转录子与基因组进行比对;Less abundant:低丰度; ...
首先,我们需要从TCGA数据库下载RNAseq数据,通常这些数据以TSV(制表符分隔值)格式存储。下载的数据文件一般包含样本ID、基因名以及相应的表达量。 R语言读取TSV数据 在R中,我们可以使用read.csv或read.table函数来读取TSV文件。以下是一个示例代码,用于读取TCGA的RNAseq数据: ...
往期TCGA相关内容: TCGA专题视频 | TCGA数据库中癌症名称缩写 | TCGAbiolinks获取癌症临床信息 | 玩转TCGA临床信息 | R基于TCGA数据画生存曲线 | 发布于 2021-02-21 20:53· 5631 次播放 赞同82 条评论 分享收藏喜欢 举报