RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对工具也不适用于所有分析。此外,本教程的重点是给...
处理任何样本之前的第一步是分析数据的质量。fastq文件中包含质量信息,指的是每个碱基检出的准确度(% 置信度)。FastQC 查看样品序列的不同方面:接头污染、序列重复水平等) 1.1. 安装 同时创建新的环境 代码语言:javascript 复制 conda create-n rna-seq-c bioconda fastqc-y 1.2. 运行 代码语言:javascript 复制 f...
处理任何样本之前的第一步是分析数据的质量。fastq文件中包含质量信息,指的是每个碱基检出的准确度(% 置信度)。FastQC 查看样品序列的不同方面:接头污染、序列重复水平等) 1.1. 安装 同时创建新的环境 conda create -n rna-seq -c bioconda fastqc -y 1.2. 运行 fastqc -o results/1_initial_qc/ --noextrac...
这里我们基本上只用到logFC、P.value和adj.P.Val,其它可以不用管。通常我们认为|logFC|>=1,P值<0.05就算是一个差异表达基因,当然,这个具体情况具体分析,不一定按照这个标准筛选。 之后就是做差异基因表达专属的火山图了。这里先把p值转换为负对数形式,再用ggplot就可以画出一幅很基本的图。 #转换p值为-lg坐...
RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对工具也不适用于所有分析。此外,本教程的重点是给...
【生信技术】测序数据差异表达分析|导入、加载、整理、分析,RNA-Seq数据的差异分析操作,跟着操作你就对了, 视频播放量 21567、弹幕量 3、点赞数 213、投硬币枚数 129、收藏人数 838、转发人数 69, 视频作者 解螺旋官方频道, 作者简介 医生科研成长平台,私信后台发送“训
在这里我们使用R中DESeq2包来进行差异表达分析,用到的输入文件为上一篇生成的表达矩阵(gene_count.csv)文件。差异表达分析可以使用Linux上的R,也可以使用RStudio来进行分析。RStudio有Windows版本,绘图可以实时显示,方便调整参数。所以,本文基于Linux上的R来做差异表达分析: ...
医学生必看的生信分析视频-单细胞联合RNA-seq分析教程(有代码),使用tcga及GEO数据进行联合分析,保姆级的教程, 视频播放量 2.1万播放、弹幕量 72、点赞数 936、投硬币枚数 574、收藏人数 2055、转发人数 148, 视频作者 llliuwy, 作者简介 ,相关视频:RNA-Seq入门,单细
RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。由于完整版过长,因此分为两部分,需要获取完整版的,请跳转文末。
一、差异表达分析详解 差异表达分析旨在评估两组数据间的差异，例如研究北方人与南方人身高差异是否显著。显著性定义为统计学检验后的P值达到特定阈值，通常为基因表达差异倍数大于2、FDR≤0.05。使用R中的DESeq2包进行分析，输入文件为上文生成的表达矩阵（gene_count.csv）。分析步骤包括安装DESeq2、...