9.1. PCA # 将所有样本转换为 rlogddsMat_rlog<-rlog(ddsMat,blind=FALSE)# 按列变量绘制 PCAplotPCA(ddsMat_rlog,intgroup="Group",ntop=500)+theme_bw()+geom_point(size=5)+scale_y_continuous(limits=c(-5,5))+ggtitle(label="Principal Component Analysis (PCA)",subtitle="Top 500 most vari...
1.DESeq2 DESeq2是目前最常用的差异分析R包。除了可以导入counts外,如果上游使用salmon,DESeq2官方还给出了直接导入tximport生成的txi对象的方法。counts与txi的获取见RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵和RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 代码语言:javasc...
当然这个标准也可以根据实际数据调整,如差异倍数下调为1.5、FDR≤0.01等。 在这里我们使用R中DESeq2包来进行差异表达分析,用到的输入文件为上一篇生成的表达矩阵(gene_count.csv)文件。差异表达分析可以使用Linux上的R,也可以使用RStudio来进行分析。RStudio有Windows版本,绘图可以实时显示,方便调整参数。所以,本文基于...
fastp -i RpSp_SP1_S5_L001_R1_001.2M.fastq -I RpSp_SP1_S5_L001_R2_001.2M.fastq -o RpSp_SP1_S5_L001_R1_001.clean.fastq -O RpSp_SP1_S5_L001_R2_001.clean.fastq --trim_front1=5 --trim_front2=5 --trim_tail1=1 --trim_tail2=1 --html quality_report.html -w 1 fastp -...
欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 留言讨论视频相关内容 公众号分享的内容包括1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关的转录组、基因组学文献阅读笔记;3、生物信息学入门相关知识,包括转录组学、群体基因组学等。4、目前也在学习宏基因组的相关知识,偶尔会推一些宏基因组的...
几个用于差异表达分析的R包如DESeq2和edgeR等,都是基于负二项分布模型设计的,整体而言结果相差不大。Limma包也可以用来分析RNA-seq数据,但主要用于分析芯片数据,现在用的人不多了。当然如果用泊松分布来做差异表达分析的话,也存在缺点,可能会忽视生物学样本间的个体差异。
或用R包实现。 R语言实现ID转换 BiocManager::install("org.Mm.eg.db")#Mm:小鼠,Hs:人library('org.Mm.eg.db')matrix<-read.csv("./featurecounts.txt",sep="\t",stringsAsFactors=F,header=F)colnames(matrix)<-matrix[2,]matrix<-matrix[-1:-2,]rownames(matrix)<-1:nrow(matrix)for(iin1:nrow...
本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq 数据预处理的实战代码 9.3 RNA-Seq分析(3) 本文将要介绍的是在R中进行RNA-seq 数据基因表达差异分析的实战代码 9.4 RNA-Seq分析(4) 本文将介绍RNA-seq差异分析结果可视化的实战代码 9.5 RNA-Seq分析(5) 本文将介绍RNA-seq基因富集分析的实战代码 ...
DESeq2是一个为高维计量数据的归一化、可视化和差异表达分析而设计的一个R语言包。它通过经验贝叶斯方法(empirical Bayes techniques)来估计对数倍数变化(log2foldchange)和离差的先验值,并计算这些统计量的后验值。 它由美国北卡罗莱纳大学教授Michael Love(michaelisaiahlove@gmail.com)于2014年发布,目前仍在更新与维...
学徒作业,以仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析教程提到的数据集为例子,比较3大R包(limma,edgeR,DEseq2)差异分析的结果,绘制一个韦恩图或者其它可视化的展现形式!因为这个RNA-seq项目的数据库链接在:https://www./ena/browser/view/PRJEB36947,仅仅是提供bam文件,如果你搞不定表达矩阵,可以发邮件找我索取,然后...