WES_trio和SNP_array阴性,RNA-seq显示RPGRIP1L基因inron10表达上调(图3A),由exon10和exon11外显子之间增加了一个假外显子引起的(图3C),并检测到纯合变异c.1243+1530G>C(图3D&E),SpliceAI预测产生一个新的剪接位点(donor gain score: 0.64)。正常转录...
每个样本平均测20-30 million reads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考RNA-seq数据分析部分)。short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的...
目前,基于NGS技术的血液肿瘤基因检测技术主要包括:全基因组测序(WGS)、全外显子测序(WES)、DNA靶向测序、转录组测序(RNA-seq)等。其中,基于靶向DNA测序技术的大panel最为常用,通常覆盖多基因的全外显子、局部内含子与部分启动子,能够有效地检出包含融合基因在内的多种变异类型。然而,这种基于DNA检测基因融合的方法...
考虑到这两种情况都会对IDS基因的转录产生影响,在与临床医生沟通后,实验室决定采用RNA测序(RNA-seq)更直观地分析患者IDS基因转录水平的改变。 基于实验室前期已经建立的RNA-seq标准分析流程(图1),我们发现该病例IDS基因表达水平显著低于同年龄...
RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段...
理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
下一代测序(NGS) 用于各种应用,例如检查 DNA 序列(全基因组测序 (WGS)、全外显子组测序 (WES))、研究 DNA 和组蛋白修饰(ChIP-Seq、Mmethyl-Seq、ATAC -Seq)和RNA测序,目前商业测序技术由Illumina主导。WGS 可以对基因组进行几乎完全覆盖的测序,通常可以识别约 300 万个单核苷酸变异 (SNV)。WES 仅关注 DNA...
RNA-Seq仅限于发现外显子区域的序列变异,不能检测到内含子区域序列变异。虽然外显子与内含子变异之间存在某种相关性,但只有全基因组测序才能捕获所有来源的SNP。 绝对确定个体突变的方法是将转录本序列与种系DNA进行比对。这样能够区分纯合基因与其中一个等位基因的倾斜表达,并且还可以提供关于转录组实验中未表达的基因...
质粒是细胞染色体外能够自主复制的很小的 环状DNA分子。 如何区分质粒与染色体? 大小、与质粒库占比、tRNA和rRN。 根据基因组可以将病毒分为:环状DNA、线性DNA、线性有polyA RNA、 线状无polyA RNA和环状RNA。 三代测序在这里的优势:测全长、无需组装。