这种情况在短读长RNA-seq中也会导致可控的3ʹ端偏好,但对定位于应用长读长的RNA-seq分析全长转录组的研究者来说,即使是低水平的RNA降解,效果也会受限。因此,相关研究者需要在RNA提取后进行严格质控。其次,中位读长长度也会受到文库制备中的技术问题与技术偏好的限制,例如cDNA合成过程中的截断或降解的mRNA反转录...
通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 前言 RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE,...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
RNA-seq是一款可用于研究和/或定量两个或多个条件下基因表达的实验技术。 众所周知,基因可以给蛋白质的合成提供指导,而蛋白质会在细胞中发挥一定的作用。尽管所有的细胞都包含相同的DNA序列,肌肉细胞同神经细胞以及其他类型的细胞还是不同的,原因在于在这些细胞中被开放(turned on)的基因不同,产生的RNA和蛋白质也...
转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。转录组学(Transcriptomics)是使用高通量测序技术,全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下RNA序列信息,并对其结构和表达信息进行分析。 转录组测序(RNA-seq)就是利用高通量测序技术将细胞或组织中全部或部分...
本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描 短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其应用如此 广泛的原因。然后描述单细胞转录组和空间转录组的发展和应用。我们会举例说明 RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构, ...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...
Over the past decade, RNA sequencing (RNA-seq) has become an indispensable tool for transcriptome-wide analysis of differential gene expression and differential splicing of mRNAs. However, as next-generation sequencing technologies have developed, so too
大多数发表的RNA-seq数据都是基于oligo-dT方法富集包含poly(A)尾巴的转录本,定位于分析转录组上的蛋白质编码区 (生信宝典注:部分lncRNA也有poly(A)尾巴)。但是这种方法除了会导致3ʹ端偏好外,很多不含Poly-A尾巴的非编码RNA,例如miRNA和增强子RNA不会被测到。完全不进行选择而使用全部提取的RNA也不合适,因为这...
RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics RNA-Seq:转录学的革命性工具 转录组研究:从芯片到RNA-Seq 摘要: 新一代测序技术在爆炸式发展的同时,也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序(RNA-Seq)就是其中之一,这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解,达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不...