RNA-seq是一款可用于研究和/或定量两个或多个条件下基因表达的实验技术。 众所周知,基因可以给蛋白质的合成提供指导,而蛋白质会在细胞中发挥一定的作用。尽管所有的细胞都包含相同的DNA序列,肌肉细胞同神经细胞以及其他类型的细胞还是不同的,原因在于在这些细胞中被开放(turned on)的基因不同,产生的RNA和蛋白质也...
StringTie: Transcript assembly and quantification for RNA-Seq 2.1 输入文件 StringTie takes as input a SAM, BAM or CRAM file sorted by coordinate (genomic location). 其中,TopHat 的输出文件已经是排序的,而 HISAT2 的输出文件需要进行排序。 2.2 命令行格式及命令选项 默认的命令行格式如下: stringtie...
CLASS: constrained transcript assembly of RNA-seq reads. BMC Bioinformatics. 2013; 14 (Suppl. 5):S14.SONG L, FLOREA L. CLASS: constrained tran- script assembly of RNA-seq reads[J]. BMC Bioinfor- matics, 2013, 14(Suppl 5):S14.
However, when a reference GTF is available, StringTie places all of the reference transcript information in the resulting GTF, even if no evidence is found in our RNA-seq data. We need to look at the expression value predictions for each transcript to know whether there was actually any ...
RNA seq名词解释 RNA-seq 名词解释 诺禾致源转录调控研究部 2014.03.21 基本概念 RNA-seq：基于二代测序技术，研究特定细胞在某一功能状态下所有RNA的功能，主要包括mRNA和非编码RNA。能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系统...
Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals.pdf,l e t t e r s transcript assembly and quantification by rNA-seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation 1–3 4 2 4 4 5 Cole Trapnell , Brian A William
二、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验流程 从样品处理到最终数据获得中每一个环节都会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性,需对样品处理、建库、测序每一个生成步骤都严格把控,从根本上保证了高质量数据的产出。流程图如下: ...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
The future of RNA sequencing is with long reads! The Iso-Seq method sequences the entire cDNA molecules – up to 10 kb or more – without the need for bioinformatics transcript assembly, so you can characterize novel genes and isoforms in bulk and single-cell transcriptomes and further: ...