sed -i"s=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/test-datasets/rnaseq=test-datasets=g"test-datasets/reference/bbsplit_fasta_list.txt 最后运行流程测试: exportNXF_SINGULARITY_CACHEDIR="singularity_db_pipe/rnaseq"nextflow run nf-core-rnaseq_3.18.0/3_18_0 -profile singularity -c test.confi...
3. 鉴于我们在计算节点上不能联网,我们要从https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases 这个网址里选择一个Version,然后选择带有-all后缀的文件下载。 (这里就是下载一个nextflow的离线版本) 也就是图中的nextflow-21.04.3-all 安装的话很简单(也就是不用安装) ./nextflow-21.04.3-all # 就相当于执行n...
1. 下载安装包: nextflow可以通过bioconda安装,所以这次我们只需要下载nf-core/rnaseq的安装包即可: 1 2 3 4 mamba create -n nextflow nextflow nf-core conda activate nextflow nf-core download nf-core/rnaseq tar-zxvf nf-core-rnaseq-3.4.tar.gz 此时我们可以通过nextflow运行这个安装包: 1 2 3 4 5...
问RNA-seq示例工作流中的nextflow .collect()方法ENcollect：收集器 Collector作为collect方法的参数 Collec...
StarScope 是达普生物自主开发的，其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline， 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案，可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出，并生成一个完整的 HTML 格式数据报告，表达结果还可接入多种下游分析。▉ 软件功能：3‘-RNA-seq pipeline • 通过 cutadapt 对原始 ...
If you are new to Nextflow and nf-core, please refer to this page on how to set-up Nextflow. Make sure to test your setup with -profile test before running the workflow on actual data. Now, you can run the pipeline using: nextflow run jbrestel/bulkrnaseq \ -profile <docker/singularit...
This page should also include the new RNAseq course https://training.nextflow.io/latest/nf4_science/Activity vdauweraadded nf4 science on Mar 9, 2025 vdauweramentioned this on Mar 9, 2025 Add RNAseq to NF4 Science index #551 vdauweraclosed this as completedon Mar 9, 2025 vdauwera ...
RNAflow-使用Nextflow的有效且简单的RNA-Seq差异基因表达管道 图1.工作流程。 用户可以在预处理后决定运行差异基因表达(DEG)分析或转录组装配。 圆圈表示输入数据,下载图标表示资源的自动下载。 星号标记的步骤目前仅适用于某些物种。 请参阅以获取有关所用工具的参考列表,并请考虑也将其引用。 目录 致电帮助 更新...
RNA-Seq管道概念的证明,旨在显示Nextflow脚本和可重复性功能。 如何执行 在您的计算机上安装Docker。 在此处了解更多信息 安装Nextflow(版本20.01.0或更高版本) curl -fsSL get.nextflow.io | bash 提取所需的Docker映像,如下所示: docker pull nextflow/rnatoy:1.3 启动管道执行: nextflow run nextflow-io/rnatoy...
StarScope 是达普生物自主开发的,其基于 STARsolo 和 Seurat 的 nextflow pipeline, 提供一站式的单细胞 RNA-seq 分析方案,可完成从原始的 reads 到细胞基因表达矩阵输出,并生成一个完整的 HTML 格式数据报告,表达结果还可接入多种下游分析。 ▉软件功能: ...