Google search:RNA-seq library construction The impact of RNA sequence library construction protocols on transcriptomic profiling of leukemia Introduction to RNA-Seq for Researchers- YouTube - 整个过程讲得比较全面 Get more from your core: RNA-Seq techniques in action | Illumina Video- 13分 PCR-free...
Non-stranded RNA-Seq与Stranded RNA-seq的建库方法有所不同,有文献(DOI: 10.1186/s12864-015-1876-7)分析认为Stranded RNA-seq 得到的mRNA数据更为准确。 但是,对于大多数的分析来说,Non-stranded RNA-Seq数据用于常规分析已经足够(https://web.azenta.com/stranded-vs-non-stranded-rna-seq)。 Stranded RNA-...
首先,准备好所需的数据,如下图所示,基因表达数据为一个包含样品与基因的矩阵。 首先,打开R之后先加载所需的R包。其中,limma是差异基因表达分析的一个常用R包,ggplot2和ggrepel是用来绘图的。 library(limma) library(ggplot2) library(ggrepel) 设定好工作目录后,读取基因表达矩阵。因为我在Xena上下载的基因表达...
今天介绍一下GeneSelectR软件包,创新地结合了机器学习和生物信息学数据挖掘方法,以增强特征选择。使用 GeneSelectR,可以使用各种ML方法和用户定义的参数从规范化的 RNA-seq 数据集中选择特征。接下来是评估与基因本体(GO) 富集分析的生物学相关性,以及对结果 GO 术语的语义相似性分析。此外,计算相似系数和 GO 感兴趣...
library(TCGAbiolinks) 1.2.1 R包TCGAbiolinks下载TCGA RNA-seq数据 使用TCGAbiolinks处理数据,常规需要3步走,分别是检索、下载和读取数据,依次对应以下3个函数 GDCquery()、GDCdownload() 和 GDCprepare() 。 检索需要下载的数据 GDCquery()可以通过多个参数检索限定需...
library(TCGAbiolinks) 1.2.1 R包TCGAbiolinks下载TCGA RNA-seq数据 使用TCGAbiolinks处理数据,常规需要3步走,分别是检索、下载和读取数据,依次对应以下3个函数 GDCquery、GDCdownload 和 GDCprepare 。 检索需要下载的数据 GDCquery可以通过多个参数检索限定需要下载的数据,各参数的详细说明可参阅帮助文档。此处,以样本量较...
library(ensembldb) # Connect to AnnotationHub ah <- AnnotationHub() 要查看存储在我们数据库中的信息类型,我们只需键入对象的名称: 代码语言:text 复制 # Explore the AnnotationHub object ah 使用输出,您可以了解可以在AnnotationHub对象中查询的信息:
featurecounts这一步需要在服务器上完成。我们在RNAseq上游分析时创建了一个总的项目文件夹,假设把它命名叫RNAseq/。在上游分析时还创建了一系列子文件夹,包括fastq/、align/、featurecounts/等 首先cd进入空文件夹featurecounts。 cd RNAseq/featurecounts/
library(DESeq2)library(tidyverse)library(RColorBrewer)library(pheatmap)library(DEGreport)library(tximport)library(ggplot2)library(ggrepel) 6. 数据导入 Salmon的主要输出是一个quant.sf文件,数据集中的每个样本都有一个这样的文件。该文件如下图所示: ...
library(DESeq2) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(pheatmap) library(DEGreport) library(tximport) library(ggplot2) library(ggrepel) 6. 数据导入 Salmon的主要输出是一个quant.sf文件,数据集中的每个样本都有一个这样的文件。该文件如下图所示: ...