RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度的影响。随...
1.RNA-Seq常用名词 1、 碱基质量值(Quality Score或Q-score)是碱基识别(Base Calling)出错的概率的整数映射。碱基质量值越高表明碱基识别越可靠,碱基测错的可能性越小。 2、Q30碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99.9%。 3、FPKM(fragments per kilobase of exon model per million mapped fragments)每百万个...
因此,在分析RNA-seq数据之前,我们需要对基因的读数进行标准化处理。 常见标准化方法有:CPM(Counts Per Million)、RPKM/FPKM(Reads/Fragments Per Kilobase Million)、TPM(Transcripts Per Million),它们考虑了测序深度以及基因长度对基因读数的影响。 CPM CPM(每百万映射读数)是指将映射到转录本的原始读数数量,经过测...
3、选择具有统计学差异的基因,比如pvalue<0.05甚至qvalue<0.05(另外如果样本类型异质性较高且在进行测序时生物学重复数偏低情况下,即使p值大于0.05,在其表达量尚可且变化幅度尚可的情况下也是可以考虑的); 4、选择表达量比较高的基因,在比较的样本组中,至少有一组样本的基因表达丰度(FPKM值)平均值大于10(不是绝对...
我在前面的文章中就有介绍:RNA-seq的counts,RPM, RPKM, FPK值到底有什么区别?。如果从原始的下机数据开始分析,那就根据自己需要进行转换,但通常我们大多数拿到的是raw counts数据,一般送测序,也会要求返回raw counts的数据,从数据库下载的数据我们通常也是选择raw counts数据或者FPKM的数据。那么我们如何将这些数据...
两者的区别在于RPKM是单末端RNA-seq,FPKM是双末端RNA-seq,后者的两个末端均可匹配到基因组,故每个DNA片段可得到2个reads。有时候双末端中一个末端reads质量低,仅余下一个末端具有高质量的reads。FPKM记录的是DNA片段的轨迹,故配对的2个reads并不会被记录两次。
一般来说,我们在RNA-seq进行差异分析时最好使用Count值,因为limma-voom、edgeR和DESeq2都是针对RNA-seq的Count值分布进行假设,从而设计的软件。但是,在实际过程中,我们并不是总能获得其Count值,而经常得到的是FPKM或者TPM值,那对于这种情况,我们能不能使用类似于分析芯片的方法进行差异分析呢?
借助文章TPM, FPKM, or Normalized Counts? A Comparative Study of Quantification Measures for the Analysis of RNA-seq Data from the NCI Patient-Derived Models Repository我们发现校正文库大小带来的影响的时候可能会导致低表达基因的表达量发生变化。所以通过Excel直接比较不同基因的表达差异时,用TPM可能会更好...
要求出FPKM值,需要获得三个参数。 cDNA Fragments:为单个基因比对到基因组上的reads数,在测序数据里就是count值。HTseq处理后可以直接得到的结果。 Mapped Fragments:指每个样品中所有基因比对到基因组上的reads数。也就是用求和函数sum()将单一样品的count值全部加起来。注意,由于单位是百万,所以求和后需要除以10^6...