eQTL分析是针对TWAS标记的基因进行的,目的是找出它们与基因表达的相关性。该分析发现至少有一个已知的玉米开花时间基因是通过转座子eQTL相互作用被鉴定出来的。同时鉴定出顺式和反式-eQTL的一组基因包括AGAMOUSLIKE6、zag6,这是拟南芥开花时间整合子soc1的同源基因。在密歇根州,zag6表达水平较高与更多的开花天数和抽穗...
将RNA测序和DNA测序相结合,可以进行SNP、RNA编辑和表达数量性状基因座(eQTL)比对等分析。 DNA甲基化 将DNA甲基化和RNA-seq整合,可以分析差异表达基因和甲基化模式之间的相关性。使用的算法包括:广义线性模型、logistic回归模型和经验贝叶斯模型等 染色体特征 通过整合RNA-seq和Chip-seq数据,可以降低Chip-seq分析的假阳性...
为了研究RNA编辑与基因表达之间的相互作用，作者进一步对edQTL和基因表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)信号进行了共定位分析，发现遗传变异可以同时影响RNA编辑水平和基因表达水平。最后，通过结合计算分析和实验验证（实验工作由中国科学院上海生物化学与细胞生物研究所惠静毅研究员团队合作完成） ，...
(一)脑组织RNA-Seq证明GWAS位点同样是表达性状位点(eQTL) 作者研究的第一步是对655个无精神类疾病的脑组织进行转录本测序(RNA-Seq),结合基因型数据,他们在10q24.32基因组区域内发现一个精神分裂症易感位点(rs7085104)与AS3MT和BORCS7的表达显著相关(图1.1)。随后,研究人员在精神分裂症,双向障碍,抑郁症患者的脑...
这份指南覆盖了 RNA-seq 数据分析的所有主要步骤，比如质量控制、读段比对、基因和转录本定量、差异性基因表达、功能分析、基因融合检测、eQTL 图谱分析等等。研究人员绘制的 RNA-seq 分析通用路线图（标准 Illumina 测序），将主要分析步骤分为前期分析、核心分析和高级分析三类。前期预处理包括实验设计、测序设计和质量...
首先，研究人员通过比较不同组织中的lncRNA基因，研究了lncRNA基因表达的组织特异性【6,7】，检测出了316种只在一种组织中表达的lncRNA，并发现组织特异性lncRNA最常在睾丸，大脑，血液和皮肤组织中表达。为了探究基因变异对lncRNA表达的影响，研究人员通过数量性状表达位点（expression quantitative trait locus，eQTL）...
Mapping expression quantitative trait loci (eQTL) provides insight into gene expression regulation. When RNA-Seq data is used to fit eQTL, proper statistical analysis requires addressing issues such as: (1) Shrinking variance component estimates to increase power of eQTL detection in small samples, ...
在存在多效性效应的情况下,mux-seq能够将基因表达分解为共享的和细胞类型特定的成分,并绘制与这些成分相关的顺式eQTL。正交功能基因组数据集的富集分析支持细胞类型特异性顺式eQTL的注释。对GWAS数据和细胞类型特异性顺式eQTL的综合分析提供了对介导...
这份指南覆盖了RNA-seq数据分析的所有主要步骤,比如质量控制、读段比对、基因和转录本定量、差异性基因表达、功能分析、基因融合检测、eQTL图谱分析等等。研究人员绘制的RNA-seq分析通用路线图(标准Illumina测序),将主要分析步骤分为前期分析、核心分析和高级分析三类。前期预处理包括实验设计、测序设计和质量控制。核心分析...
基因型和基因表达谱之间的关联分析通过cis-eQTL来实现; DNA甲基化和基因表达谱之间的关联分析通过cis-eQTM来实现,DNA甲基化与基因型之间的关联分析通过cis-mQTL来实现。imethy针对每个数据集(单核细胞,CD4 + T细胞,中性粒细胞和PBMC)测试了基因型和基因表达(cis-eQTL),DNA甲基化和基因表达(cis-eQTM)和基因型和...