理论上，任何聚类方法都可以应用于 scRNA-seq 数据，包括层次聚类和k-means等常用于 bulk RNA-seq 数据...
需要的R包:limma,edgeR,gplots,org.Mm.eg.db,EDASeq,RColorBrewer,GO.db,BiasedUrn,DESeq2,Glimma,Rsubread. 这里我们推荐使用Bioconductor安装以上这些包,要注意的是Bioconductor更新后,将R包安装的功能转移到BiocManager::install,见下: >source("http://bioconductor.org/biocLite.R")Error:With R version3.5or...
you can now use the gene count table as an input intoDESeq2for statistical analysis using the ...
接下来,我们将下载annotation file用于将转录本标识符转换为基因名称(如下图)。此文件是从R包AnnotationHub得到的(后续将介绍如何获取过程)。 然后用 RStudio 打开之前的DEanalysis目录,创建一个de_script.R文件,写入下面的注释,并保存。 ## Gene-level differential expression analysis using DESeq2## 使用 DESeq2...
Heat map analysis of RNA-seq data using RStudioRaymond A EnkeAshton Holub
在你进行细胞分隔以后,你就可以对每一个细胞里的你检测的RNA丰度进行定量了。上图显示,你会得到一个表,这个表长得和scRNA-seq的表差不多。之后你可以做的事情和单细胞测序一样,比如聚类,下图的热图就是标记的33个基因在不同细胞群里表达的情况: 再比如说,tSNE降维: ...
然后用 RStudio 打开之前的DEanalysis目录,创建一个de_script.R文件,写入下面的注释,并保存。 代码语言:javascript 复制 ## Gene-level differential expression analysis using DESeq2 ## 使用 DESeq2 进行差异表达基因分析 完成以上步骤后,最后的工作目录如下图: ...
我们通过下载的教程文件夹创建一个RStudio项目。 img img 在控制台输入下面命令创建一个用于差异分析的脚本: 代码语言:javascript 复制 file.edit("de_script.R") 我们就在这个脚本中键入代码和运行查看结果。 载入包 代码语言:javascript 复制 ## Gene-level differential expression analysis using DESeq2 ...
Seq 117 6.3.2 Counting Reads per Transcripts 120 Cufflinks 122 eXpress 122 6.3.3 Counting Reads per Exons 126 6.4 SUMMARY 128 REFERENCES 129 CHAPTER 7 ◾ RNA-seq Analysis Framework in R and Bioconductor 131 7.1 INTRODUCTION 131 7.1.1 Installing R and Add-on Packages 132 7.1.2 Using R ...
rna-seq genomics omics rna-seq-analysis genomics-visualization Updated Jan 5, 2025 R Dragonmasterx87 / Interactive-3D-Plotting-in-Seurat-3.0.0 Star 119 Code Issues Pull requests This repository contains R code, with which you can create 3D UMAP and tSNE plots of Seurat analyzed scRNAseq...