RNA splicingSoftwareStatistical methodsThe robust detection of disease-associated splice events from RNAseq data is challenging due to the potential confounding effect of gene expression levels and the often limited number of patients with relevant RNAseq data. Here we present a novel statistical ...
RNA-seq数据分析完全指北-11:Spladder分析可变剪切 拖更了好久,有没有一年?我自己都不知道了 可变剪切,即alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成熟mRNA的过程当中,不同的剪切方式使得同一个基因可以产生多个不同的转录本, 最终产生不同的蛋白质。由于结构决定功能,而序列决定结构,可变剪切可能会对蛋白质功能产...
2024年2月23日nature protocols在线发表了题为rMATS-turbo: an efficient and flexible computational tool for alternative splicing analysis of large-scale RNA-seq data的文章。 摘要 Pre-mRNA的选择性剪接是一种用于增加真核生物转录组和蛋白组多样性的普遍机制。调节的选择性剪接在许多生物过程中发挥作用,而失调...
有些可视化工具专门用于可视化多个RNA-seq样本，例如RNAseqViewer，它提供了灵活的方式来显示外显子、转录...
Integrated analysis of a compendium of RNA-Seq datasets for splicing factors Article Open access 16 June 2020 rMATS-turbo: an efficient and flexible computational tool for alternative splicing analysis of large-scale RNA-seq data Article 23 February 2024 NBBt-test: a versatile method for dif...
另一种对理解可能由基因产生的可变剪接产物的复杂性非常有用的方法是一种称为 RNA-seq 的方法。这种方法的工作方式与您已经了解的配对末端 DNA-seq 反应非常相似 ,但在这种情况下,起始模板必须是 mRNA。 所以你从细胞的细胞质中分离出 mRNA,这样当你得到成熟的 mRNA 时,你就可以将它们复制到 cDNA 中。 然后,...
RNA-seq可以应用于以下几个方面的研究,1. SNPs;2. novel transcripts;3. alternative splicing;4. RNA editing。但归根结底,RNA-seq最主要的分析还是筛选差异基因。 常用的RNA-seq操作平台有Illumina GA/ HiSeq, SOLiD 还有Roche 454。它们都是提取RNA后,纯化,打碎,逆转录成cDNA,然后测序。测序的结果被称为shor...
本地论文 3D RNA seq a powerful and flexible tool for rapid and accurate differential expression and alternative splicing analysis of RNA seq data for.pdf
Basepair has released a new pipeline for investigating changes in alternative splicing (AS) in RNA-seq. This pipeline uses LeafCutter, a state-of-the-art tool for detecting splicing changes.
RNA-seq可以应用于以下几个方面的研究,1. SNPs;2. novel transcripts;3. alternative splicing;4. RNA editing。但归根结底,RNA-seq最主要的分析还是筛选差异基因。 常用的RNA-seq操作平台有Illumina GA/ HiSeq, SOLiD 还有Roche 454。它们都是提取RNA后,纯化,打碎,逆转录成cDNA,然后测序。测序的结果被称为shor...