MscRNA Seq根据有效液滴指标筛选合适细菌数,具体见下: 图1.Barcode对应UMI数 图2.Barcode对应基因数 降纬与聚类分析结果 选择高变异全转录组基因进行leiden算法聚类和UMAP算法降维分析,结果显示此样本聚类为2个群体,分别为肺炎克雷伯菌与大肠杆菌,能够较好的展示菌群中的细菌异质性。 图3.降维聚类分析 选择肺炎克...
今天解读的这篇文章出自华南理工大学,是研究纤维弧菌的,作者只做了4个样品的RNA-seq,并且无生物学重复,也发了4.5分。 而这篇文章所有的RNA-seq分析都是在基迪奥做的,那作者究竟是怎么做到的,我们来分析一下。 这篇文章发表在《Bioresource technology》杂志上,IF(2014):4.49 利用木聚糖共培养纤维弧菌和微藻可促进...
为了进行RNA-seq分析,需要使用一个参考序列来比对测序reads,并确定其来源基因。常见的细菌RNA-seq参考序列来源有以下几种: 已公开的细菌基因组序列。 这些基因组序列通常可以从公共数据库中获取,如NCBI GenBank等。这些数据库中包含了大量已测序的细菌基因组序列,可以作为RNA-seq分析的参考序列。 菌株特异性基因组...
近年来,单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术被广泛应用于异质性样本的转录组研究,但由于细菌RNA具有短半衰期、低丰度及细胞壁的特殊性,相关研究主要集中在浮游细胞状态,难以深入分析生物膜中的细菌群体。 2024年11月,美国内布拉斯加大学医学中心病理学、微生物学与免疫学系的Lee E. Korshoj和Tammy Kielian在Nature Communic...
且共培养中基因表达在过渡阶段受到的影响最大,在“1:1000”共培养时,大肠杆菌中有139个基因表达上调,274个基因表达下调。在“1000:1”共培养中,8 h恶臭假单胞菌中有12个基因表达上调,73个基因表达下调。 GSEA富集分析显示,在大肠杆菌和恶臭假单胞菌中分别有50和38条通路受到了显著影响,分别占其代谢通路的61%...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
为了准确地定量和比较基因的表达水平,需要将测得的cDNA序列与参考基因组序列进行比对和匹配。 为什么需要细菌RNA-seq参考序列? 细菌RNA-seq参考序列的主要作用是为测序数据提供参照,使得可以准确地将测序读数匹配到相应细菌基因。通过与参考序列比对,我们可以确定基因转录区域的界限,鉴定出哪些基因在特定条件下得到启动和...
目录 收起 文章背景 实验与分析方法 结果阐述 结果讨论 文章背景 根内生真菌与多种陆生植物建立互利关系,如Piriformospora indica(梨形孢菌,P. indica ),作用于缓解作物的盐胁迫,并通过促进生长、抗病性和抗逆性使寄主植物受益。 观察到从耐盐菌中分离的特定基因的异源表达,例如Debaryomyces hansenii 和 Aspergil...
▼1. BacDrop:一种基于细菌液滴的大规模平行scRNA-seq技术 研究者们借助10x基因组学平台开发了基于液滴微流体技术的scRNA-seq平台——BacDrop,具有更高的规模,并能更好的裂解细菌细胞壁的同时保留RNA的完整性(图1A)。每个液滴中可加载3-6个细胞,并借助“板状条形码”(plate barcoding)和“液滴条形码” (dropl...