转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
一、RNA-seq原理 RNA-seq的原理基于测序技术,通过将RNA样本转录成cDNA,然后进行高通量测序,最后利用计算方法分析测序结果。具体步骤如下: 1. RNA提取:从细胞或组织中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等各种类型。 2. RNA片段化:将提取的RNA进行片段化处理,通常采用酶或碱性水解等方法。 3. cDNA合成:利用反转录酶...
RNA-seq的原理是利用涉及多种步骤的流程,即从RNA到DNA的反转录编码,然后经过克隆和序列测定,最后分析和解读。首先,将RNA制备好,然后进行反转录编码,将RNA转换成DNA,从而产生cDNA(反转录聚合酶)库。然后,将cDNA库进行克隆,以获得可复制和测序的cDNA片段。最后,将这些cDNA片段进行序列测定,并通过相应的软件和算法来解...
首先是测序得到的fastq文件,通过和参考序列的比对和表达定量,生成原始的定量结果(如下图所示)。最左列是基因名,最上列是不同细胞系/不同处理的名称,中间的数字就是对测序结果的定量值(绝对定量)。 2.数据标准化。 DESeq2将对原始reads进行建模,使用标准化因子(scale factor/size factor)来解释库深度的差异。然后...
在RNA-seq实验中,需要从细胞或组织中提取总RNA,并分离出mRNA。mRNA中包含了转录组的绝大部分信息,因此mRNA选择性地被转录成cDNA,以获取转录本的信息。在这一步骤中,可以使用磁珠或柱提取和纯化总RNA,并使用亲和性纯化方法获得纯净的mRNA。 转录本测序: 经过mRNA纯化后,mRNA通过反转录酶将其转录成cDNA,并合成双链...
PCR原理 步骤3 因为II代测序(NGS)的illumina测序不能测很长的seq,约为200-700bp,所以不能测得mRNA全长,因此需要进一步把合成的cDNA利用酶打断到illumina能测的长度(长度有些随机,比如300bp的cDNA能通过头尾150bp完整测序,但700bp的cDNA只能通过头尾150bp测序+参考基因组推断出来)。然后在cDNA的3'端插入Truseq Re...
RNA-seq(RNA测序)是一种通过测定RNA分子在特定条件下的表达水平来研究基因表达的技术。其基本原理如下: 1. RNA提取:首先从生物样品中提取总RNA,包括所有转录本的mRNA、rRNA和tRNA等。RNA提取的方法可以根据研究目的和样品的特性选择合适的方法。 2. RNA逆转录:将提取的总RNA经过逆转录反应,将RNA转录为cDNA。逆转录...
RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)和非编码RNA(ncRNA),用高通量测序技术进行测序分析,反映出它们的表达水平。🚀 高通量测序技术 高通量测序技术(High-throughput sequencing),也称为“下一代”测序技术(Next...
RNA-seq的原理基于Illumina测序技术,主要包括以下步骤: 2.1 样本准备是RNA-seq实验的关键步骤。通常需要从细胞或组织中提取总RNA,并进行质量控制。然后使用DNA逆转录酶(reverse transcriptase)将RNA转录为cDNA。cDNA可用于进一步测序处理。 2.2 在测序文库构建过程中,需要对cDNA进行片段化(fragmentation)和连接测序适配体(...