转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
一、RNA-seq原理 RNA-seq的原理基于测序技术,通过将RNA样本转录成cDNA,然后进行高通量测序,最后利用计算方法分析测序结果。具体步骤如下: 1. RNA提取:从细胞或组织中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等各种类型。 2. RNA片段化:将提取的RNA进行片段化处理,通常采用酶或碱性水解等方法。 3. cDNA合成:利用反转录酶...
首先是测序得到的fastq文件,通过和参考序列的比对和表达定量,生成原始的定量结果(如下图所示)。最左列是基因名,最上列是不同细胞系/不同处理的名称,中间的数字就是对测序结果的定量值(绝对定量)。 2.数据标准化。 DESeq2将对原始reads进行建模,使用标准化因子(scale factor/size factor)来解释库深度的差异。然后...
rna-seq测序原理 RNA-seq测序是一种可以用于研究基因组学、组学、转录组学等领域的测序技术。它可以用来研究基因的表达模式、基因的功能和蛋白质的表达,以及物种特异性的基因组变异。 RNA-seq是一种高通量的测序技术,可以同时测量数以万计的基因,并识别基因组中的差异,从而获得更多的信息。它可以被用来研究物种之间...
RNA-seq测序,也就是转录组测序,它的原理主要是利用高通量测序技术,对生物体内所有的转录产物进行测序分析。这个过程包括了从样本中提取总RNA,然后构建测序文库,最后进行测序和数据分析。在数据分析阶段,我们会把测序得到的原始读长进行过滤、组装,并进行生物信息学分析,从而得到基因的表达水平等信息。简单来说,就是通过...
RNA-seq 测序过程可以分为样品准备、转录本测序和数据分析三个主要步骤。 样品准备: 在RNA-seq实验中,需要从细胞或组织中提取总RNA,并分离出mRNA。mRNA中包含了转录组的绝大部分信息,因此mRNA选择性地被转录成cDNA,以获取转录本的信息。在这一步骤中,可以使用磁珠或柱提取和纯化总RNA,并使用亲和性纯化方法获得纯净...
rna-seq基本原理 RNA-seq(RNA测序)是一种通过测定RNA分子在特定条件下的表达水平来研究基因表达的技术。其基本原理如下: 1. RNA提取:首先从生物样品中提取总RNA,包括所有转录本的mRNA、rRNA和tRNA等。RNA提取的方法可以根据研究目的和样品的特性选择合适的方法。 2. RNA逆转录:将提取的总RNA经过逆转录反应,将RNA...
1.RNA-seq的测序误差主要由生物学误差(生物学重复,比如取30只小鼠采样)和技术性误差(技术性重复,比如对1只小鼠采样3次)造成,如果想要得到的数据为无偏的,那么生物学重复最重要,因为生物个体代表着样本,而技术手段只会造成不可控干扰。总的来说,只做技术性重复的实验结果偏差最大,技术性重复+生物学重复的实验结果...
RNA-Seq是一种基于高通量测序技术的转录组学研究方法,通过对生物样品中所有RNA分子进行测序,从而获得基因表达的全面信息。今天,我们来详细讲解RNA-Seq的原理和应用。🔍 什么是RNA-Seq? RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、...